塞尔达传说:幻影沙漏的游戏系统
除了操作上的不同，沙漏给塞尔达系列引入了一些新颖的设计。
眩晕设计:沙漏中的链接有一些前朝链接没有的功能。在游戏中，如果你让林克连续翻滚四次，或者连续释放四次，林克就会在同一个地方晕上一阵子，看起来非常可爱，很人性化。这个设计在后来的作品《灵魂轨迹》中得到了继承。
斗剑设计:在游戏中与一些敌人战斗时(朱利安，贝赫拉姆的最后形态)，林克会在战斗中与敌人战斗；当这种情况发生时，玩家需要在屏幕上乱涂乱画，以乱涂乱画的速度赢得剑战，并弹开对方的武器。这种设计在该系列中尚属首次；不仅在战斗中，在林克被怪物吃掉/卡住的时候，你也需要通过这种方式挣脱。这种设计在后来的作品《灵魂轨迹》中得到了继承。
海王神庙:海王神庙是本游戏中重要的神庙。在主流程中，林克会反复冒险到这座寺庙，不断探索更深的楼层。海王星神庙是一座会吸收探险者生命的神庙。林克只能在道具“幻影沙漏”的保护下在神庙里安全前进——直到沙漏的沙子用完。换句话说，林克在这座神庙的冒险是有时间限制的。此外，神殿中还有一种名为“幻影骑士”的生物。这个生物一旦发现林克，就会追击，林克只能被动躲避。这是《塞尔达传说》系列第一次在游戏中使用“限时潜水”的元素；对这个设计有不同的看法。有玩家认为在海王神庙经过的楼层再次解谜太复杂，但也有玩家认为海王神庙的很多捷径和招式才是沙漏的精髓。
地图和海图设置:《沙漏》的地图系统是历代最完善的地图系统。在历代的作品中，地图只有我们的眼睛才能看到，而沙漏则颠覆了这一点。这个地图和图表可以显示在ds的触摸屏上。玩家可以用触摸笔在地图上画画写字，记录一些重要的事项——比如暂时拿不到的宝箱，按下按钮的顺序，传送时需要画的符号，甚至一些迷宫的走向。游戏中有看不到地板的迷宫，有在地图上画出路线才移动的平台，甚至还有特定路线必须经过的雾蒙蒙的海域。这些都是必须通过使用地图来解决的难题。这一设置在《沙漏》的续作《灵魂轨迹》中得到继承，甚至后来其他平台的作品《天空之剑》和《诸神的三角力量2》也在地图上标注了这一设置。
三个精灵设定:沙漏中侍奉海王的三个精灵，立夫、耐莉、希拉，在林克的冒险中可以帮上大忙。在游戏中，有一个小岛，岛上有一个神秘的水池。在池前给足够的玉(力量玉，智慧玉，勇气玉)，让精灵帮助加强林克的能力。提供10任何一种玉石，林克将获得那个精灵一半的帮助。给20，林克就会得到那个精灵的全力帮助——给了袁宇之后从收藏菜单里选一个你想用的精灵就行了。立夫(对应力量)可以给林克的剑带火，增强他的攻击力；内利(对应智慧)可以加强林克的防御，让他用盾牌攻击打晕杜月笙；希拉(对应勇气)是一种冲击波效果，可以让林克的普通斩采取远程攻击。这是系列中第一次设定这种强化林克能力的方式。
多人游戏:《沙漏》中有一个依靠联机和联网的战斗模式，这在系列中还是第一次——前作的联机模式需要多个卡带和联机，联动条件非常苛刻；有了ds的新系统，两个玩家可以用卡带通过ds下载播放。在战斗模式中，两个玩家会轮流扮演林克和幻影骑士的角色，互相抢夺三角力量的棋子；游戏中还有一个成就系统，可以在联机模式下通过特定情况下的胜利来实现——这个设计在后来的《封神2》中得到继承。另外，沙漏有两个玩家互相交换宝物的设计，但是因为沙漏中宝物的使用量很小，所以这个设计其实价值不大。
舰船零件系统:包括原版样式在内，游戏中共有八种舰船样式，每种样式又分为船头、栏杆、船舱、船身、桨、炮、锚、烟囱八个部分。梅卢卡岛的造船厂可以更换船的零件。如果可以在船上装配原样式之外的某一种样式，那么船的整体防御(以游戏中的红心数量来表示)会得到加强，从最初的四颗红心到最多八颗红心。这种设计在后来的工作轨迹中也得到了继承。不过这种设计也有一些批评的声音——除了增加血量，飞船零件基本没什么用，收集完全是随机的，缺少一些内容。