谁帮个忙
身为女明星的工藤有希子和沙朗一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗Kid的父亲）学习易容术，两人因此相识。
真实身份为黑衣组织杀手的沙朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免于难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。沙朗对小朱蒂说的“A secret makes a woman woman”令她印象深刻，并成为她日后的口头禅。（奇怪的是，当时既有朱蒂这个人证，又有沾有沙朗指纹的朱蒂父亲的眼镜这个物证，为何不把沙朗抓起来呢？可能她已经易容了吧。）
高中生工藤新一和青梅竹马毛利兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧《黄金苹果》，在剧院门口两人遇见并认识了沙朗，但是在歌剧开演前沙朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找沙朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发强盗的赤井秀一，后又在废仓库遇见受伤逃跑中的银发强盗。银发强盗欲将二人灭口之际因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发强盗被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。按照后来剧情的说法，当时的银发强盗其实是沙朗为让赤井秀一掉以轻心以便于刺杀而假扮的（但似乎仍没有成功，自己倒挂了彩）。这也是为什么现场所有的痕迹都被抹去的原因（当然真正的银发强盗早已被灭口并伪装成自杀）。可见当时赤井应该已经与黑衣组织有联系，不然沙朗不会大费周章要杀掉他。从沙朗躲起来但看到赤井秀一都不敢开枪来看，黑衣组织对其应该极为惧怕。长发，敏锐的洞察力，外表冷漠，和Gin相似的狠劲，在这次事件中展示了出来。正因为沙朗被两人救过命，所以日后才对两人处处维护。事后她在和有希子的电话中提到“看来我也有自己的天使”指的应该就是兰（此后一直将兰称为天使）。另外故事最后提到赤井秀一和FBI在一起，暗示了他的身份。
沙朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活，在组织里代号是“贝尔摩德（Vermouth，即苦艾酒）”。假造死亡的原因可能是身份暴露，不过她应该有过某种际遇，以至于真实的容貌变得很年轻（个人认为可能与APTX4869有关）。以后就称她为“贝尔摩德”。
工藤新一之后有一次和兰一起去游乐场玩时发现黑衣组织的交易，在跟踪过程中不慎被打昏，并被Gin（琴酒）强行灌下了APTX4869而变成了柯南。为了掩饰身份，柯南寄住在兰的家里，并在帝丹小学就读。
在“电玩公司杀人事件”中，柯南偶遇黑衣组织的成员Tequila（龙舌兰），但是他被炸死了。
黑衣组织的基层成员宫野明美（化名广田雅美）参与了组织10亿元银行抢劫案，得手后因背叛组织被Gin所杀，其妹宫野志保因此不愿继续APTX4869的研发而被囚于瓦斯室。绝望中她服下了偷藏的APTX4869想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期的模样，得以挣脱手铐从垃圾通道逃了出来。她知道新一也变小了，所以想要向他求助，最后倒在新一家门口，被阿笠博士所救，并寄住在阿笠博士家，与柯南同样就读帝丹小学，并改名灰原哀。
“黑暗中的死角杀人事件”中，新出明智（就是那个常在帝丹高中出没的医生）的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案（这是真正的新出明智唯一的一次出场，直到“与黑衣组织的直面对决，满月之夜的双重谜案”之后）。同时为保护无辜的女佣，警方修改了案件纪录，这一点日后成为朱蒂用来指证假冒的新出明智的重要根据（这个故事是100多集的时候，可见73老狐狸两年多以前就开始埋下伏笔，果然是老狐狸）。
“与黑衣组织的再会”，哀被组织成员Pisco（皮斯克）绑架，后在柯南的协助下逃脱，Pisco因身份暴露被Gin灭口（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本定居下来）。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员。
贝尔摩德制造车祸企图害死新出明智一家，并开始假冒新出明智的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出明智，并且自己以蒂丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。朱蒂通过比对指纹，发现了沙朗＝贝尔摩德的秘密。
“危命的复活”，柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师发现。贝尔摩德这时就已经知道新一没死，但是估计还没猜到柯南＝新一，也没有告诉组织。
“格斗游戏的陷阱”中，朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案。这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕。不过事后她打电话给同伴时，“腐烂的苹果”这一代号指的是化妆成新出的贝尔摩德。可恶的老狐狸在此处就说“苹果是智慧果，暗指侦探”，明显的误导啊！
“神秘的乘客”——本集刚开始时Gin和贝尔摩德的一段就表明了本集与主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员而变得非常害怕。后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的公车上想一死了之，最后被柯南所救。现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德（但老狐狸误导我们往赤井秀一这边靠），而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告“目标还没有出现”表明他正在监视什么人，有说法认为他在监视贝尔摩德，但我认为朱蒂既然已经知道新出的身份，没必要让赤井协助。所以目标应该不是贝尔摩德，有可能是因为搜查新出（贝尔摩德）办公室时看见了哀的照片，所以在寻找哀。因为贝尔摩德也在找，所以他跟踪她寻找哀的可能性极大。好在在柯南的掩护下无论是朱蒂和赤井或是贝尔摩德都没有发现到哀。老狐狸又一次将我们的视线集中在赤井身上，欲误导我们赤井的身份）。另外值得一提的是新出（贝尔摩德）在车上有维护柯南的举动。
“从芝加哥来的男子”中，柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士?布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。这个詹姆士应该是朱蒂和赤井的上司，这一集主要就是让他露一下面，以免日后出现时过于唐突。这里要八卦一下，最后赤井提到自己被女朋友甩了，个人感觉这个女朋友是哀的可能性非常大^_^。
佐藤警官去和白鸟警官相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止。本集虽然是本厅刑事恋爱物语，但值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出（贝尔摩德）帮助他圆了谎，这表明了贝尔摩德此时已经知道了柯南＝新一的秘密，原因可能是身为有希子的朋友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密。当然，她仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物。
“犯罪的纪念品事件”，案件本身无关紧要，与主线有关的是暮目警部提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了女佣那个细节），将相关案卷全部偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探事务所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。同时关于赤井的身份我们也进一步被老狐狸误导。
“叉方块三角（×□△）事件”，案件本身仍然无关紧要，重点是柯南又一次在朱蒂面前破案。本集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI，二是在案件中兰回想起自己曾经见到过“带黑色针织帽的男子（即赤井秀一）”。最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给Gin，提到了Sherry（雪利酒，宫野志保在组织里的代号），并且向打了叉的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。可能这个时候贝尔摩德正式接到组织追杀哀的指令。
“西部明侦探VS英语老师”——案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂＝克里丝，刚巧赶来的服部平次（补充：服部平次——关西高中生侦探，与工藤新一齐名，与柯南第二次见面时就已识破其身份，后两人很有默契地保密至今，与柯南携手破了不少案子，但毕竟不是主角，总感觉推理不如柯南）对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。本集的重点就是在最后朱蒂的浴室镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的。同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，不过当时这些照片的出现，老狐狸显然给了我们朱蒂＝贝尔摩德的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
少年侦探团去森林中寻找光彦，本集提到了另一个组织的成员邵渊己一郎，其实此人在浪花连续杀人事件就曾出现，而且不过是组织里一个无足轻重的小角色而已。
“黑色的足迹”中，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员Tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记。案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩（应该就是指他的女朋友，哀的可能性非常大）。另外借此柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情。PS：曾经有人提到，对赤井说兰“经常”哭感到难以理解，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探事务所，因此多次看见兰暗暗哭泣。觉得他这句话是对柯南说的，表明自己就是监视毛利侦探事务所的人，但是没有恶意。
柯南通过板仓的日记了解到了黑衣组织的行踪，并试图冒充板仓与Vodka（伏特加）接头，但是被Gin识破而失败。虽然是和黑衣组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大（感觉Gin和伏特加都被排除在主线之外了）。唯一的影响就是最后柯南和哀离开时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉，惊慌地回头时赤井已经消失。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至将影响到人类的前途，看来我们的柯南离“拯救世界”的老套不远了。
“金钱买不到的友情”，剧情本身和主线无关，但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾雷娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的可怕计划。
在“黑暗中的圈套”中，少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃。最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息。
哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至。最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了。”的画面。这下哀可算是彻底暴露了（博士啊，博士），贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器。
博士带柯南和哀去访问哀父亲生前的好友——设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案。柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐明美设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。哀的母亲在留给哀19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于老狐狸爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员“Calvados（卡尔瓦多斯，即苹果酒）”来帮忙，正策划着某项行动。PS：这位Calvados可算是组织出场成员中最霉的一个，连个脸都没露就挂了。
朱蒂辞去了帝丹高中老师的工作（显然预示着将有所行动）。不过在兰和园子到朱蒂家开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片。
“与黑衣组织的直面对决，满月之夜的双重谜案”——终于到了高潮了，各方势力都有所行动。贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图“调虎离山”引开柯南而刺杀哀。朱蒂了解到了这个计划，欲抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排。另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触，但哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往。最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车后备箱里……真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个谜底纷纷揭晓，形势几变，具体情节也不详述了。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知……其间赤井身份终于真相大白——FBI特工。事件中，他用枪打断埋伏在集装箱处的Calvados的双腿（后者在事件最后自杀），解救了朱蒂，并用霰弹枪打断身穿防弹衣的贝尔摩德的三根肋骨（可见是个可怕的角色）。当他用戏谐的语气说出“来福枪，霰弹枪，还有三把手枪，我还以为是个军火贩子呢，不过现在断了双腿，作不成交易了。”时，其对黑衣组织成员冷酷无情的酷劲展现无遗。被黑衣组织称为“银色子弹（Silver Bullet，鸡尾酒的一种）”（是一种狼人喝了会现出原型的酒）的赤井，在其他FBI被贝尔摩德用易容术支开后还能回来解救朱蒂足见其智慧。总之一切情形照旧，老狐狸骗钱计划继续！但令人欣慰的是觉得多了一支生力军，从此柯南不再孤单，有FBI的介入，更增添了信心。加上赤井秀一这样的狠角色，使人看到Gin也不像以往那般畏惧，并期待他们二人能上演一场精彩的对决。PS：在最后赤井说出了“现在还不是我和那个茶发女孩（指哀）见面的时候”的话，表明他们有深厚的关系，而事后朱蒂曾邀请哀加入“证人保护计划”，被哀拒绝。
“黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸出的瞬间”，承袭了老狐狸的一贯风格。小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰，便与柯南和兰一同前往怜奈家。小五郎等人虽抓到了“犯人”（其实是个小孩），但同时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑衣组织成员（代号“Kir，基尔酒”）一事。随后，黑衣组织制定了于下午1点在ADP地点暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南。为了阻止暗杀计划，就要知道ADP地点和DJ的意思是什么，随即展开了推理……终于代号毫无悬念的被解开，柯南和朱蒂及时赶到了现场，在Chianti（基安蒂）和Korn（科恩）（两位新登场的人物，组织中厉害的狙击手，因为Calvados的死而很讨厌贝尔摩德）动手狙击前阻止了暗杀。最后水无怜奈（Kir）失手被擒，身受重伤，至今仍昏迷不醒。同时Gin发现了柯南遗留的窃听器，第一时间联想到与怜奈有过偶然接触的我们的毛利侦探。于是暗杀指令目标直指小五郎，地点——米花町五丁目毛利侦探事务所……！赤井又在最后时刻登场，解救了Gin等人枪口下的毛利及朱蒂、柯南等人，用精准的枪法打坏Gin捏在手里的沾有柯南指纹的窃听器，险些洞穿Gin左眼，与黑衣组织用狙击枪进行了枪战，似乎击中了Gin（穿防弹衣），使Gin被迫下达撤退的指令。有史以来第一次看见Gin紧张的表情，真是过瘾啊！（ 同时在本集詹姆士说出了赤井秀一女友已经死亡。）赤井精准的枪法，准确的预见能力，以及那句“久违了，我亲爱的——宿敌啊”，让人觉得黑衣组织除了新一之外，实在是该先考虑把他除掉再说。
主线故事至此暂告一段落，以下是还未得到老狐狸证实的推测：
水无出事之后，兰的班上就来了个转校生——“容貌酷似水无怜奈”的本堂瑛佑（很大智若愚的角色）。由于自称崇拜毛利小五郎，不久就到毛利家玩，然后又到处“磕磕碰碰”，很可疑哦！之间应该不会没有一点关系吧？水无怜奈不是曾对柯南说过她有个弟弟吗？且本堂并不是看起来那么傻：他一开始是这么对小五郎说的：“请把您的运气分给我一点吧！因为您不是一直在睡着的时候解决事件的吗？运气实在太好了！一定是那时有神明附在您身上！”这句话很可疑，似乎话中有话。柯南也曾怀疑过他，但似乎被他掩饰过去了。在之后的几个案子里，他偶尔也会发表一句名推理。最可疑的是本堂瑛佑总是在暗中观察柯南的一举一动（这在最近的446-447“被封印的欧式窗户”中相当明显），发觉这点的柯南无法在案件中顺利使用麻醉针。种种迹象表明，本堂瑛佑一开始就不是冲着小五郎来的。作为一个转校生，转学之前是不可能认识柯南的吧，来了就把矛头直指柯南，这说明他是有来头的。那他的真正目的又何在呢？他又是从何而来呢？纯属虚构的几种猜测：一、他是好人 。但老狐狸不会随随便便在情节里突然加上这么个“好人”，一定对故事情节有推动作用，可能是和组织有点关系的。二、他是坏人 。而且有可能就是组织的头目，而且是吃了APTX4869变小的水无怜奈的父亲。水无落到FBI手中后，组织本应该立刻除掉她，但没有这样做，所以一定有原因，由于是自己的女儿，所以组织头目决定亲自出马来到毛利家中调查。水无看似不是出于自愿加入组织，可能也是这个原因。三、他是水无的弟弟并知道组织的事情。他隐约感到了柯南就是新一的事实但并不确定，便来到柯南处暗中观察柯南。总而言之，本堂瑛佑真正的身份还是要等老狐狸来解答了。
最后，关于黑衣组织
Gin（琴酒）——有着冷酷的眼神，杀过许多人也不在乎的样子。在组织里似乎有极高的地位。和Sherry（哀）似有很深的关系，是个智能型的罪犯，和柯南多次交手都未曾吃亏。有一辆从德国买来的黑色保时捷，型号是356A。初登场：001“云霄飞车杀人事件”。
Vodka（伏特加）——长的非常壮，头脑简单，遇事没有主见，做事不细密，全听Gin的，称Gin为“老大”。初登场：001“云霄飞车杀人事件”。
宫野明美——化名广田雅美，已故，组织的基层成员。参与了组织10亿元银行抢劫案，得手后因背叛组织被Gin所杀。和妹妹志保不同，因为是基层成员，所以可以像正常人一样生活，但其实是在组织的监控下。是为了让志保脱离组织，作为交换条件，才加入组织的。为了逃避组织的追查，自己有一间秘密住所，但在死后被Gin发现。初登场：013“奇怪的寻人事件”。
Tequila（龙舌兰）——组织人物之一，已故。在一次交易中因拿错箱子被炸死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。是柯南遇到的第一个组织的人。初登场：054“电玩公司杀人事件”。
邵渊己一郎——组织底层人物之一，杀人犯。差点被当作药物试验品，已经被警察逮着了，判死刑。初登场：118“浪花连续杀人事件”。
Sherry（雪利酒）——本名宫野志保，现名灰原哀，主要人物之一。初登场：129“来自黑暗组织的女子，大学教授杀人事件”。
Vermouth（贝尔摩德，苦艾酒）——组织重要人物之一。深受组织的首脑人物“那个人”的宠爱，年龄29岁（？），真名叫沙朗?宾亚特，美国著名女演员。时而复出，时而隐退，行迹与想法都无法掌握。精通易容术。一直在追查组织的叛徒Sherry，身手、智慧都可以和Gin媲美，大概还在其上。种种诡异的举动总是能让人感到不寒而栗，但是对柯南和兰又极力的保护，似乎有叛变组织的倾向。初登场：176-178“与黑衣组织的再会”。
Pisco（皮斯克）——组织人物之一，已故，原名升山宪三。认识宫野夫妇，与组织老大关系密切，因任务完成不好，被Gin所杀。初登场：176-178“与黑衣组织的再会”。
板仓卓——有才能的系统引擎开发者，已故。利用其能力为组织情报收集制作了系统软件， 但因为相马竜介的原因，被杀害了。初登场：309-311“黑色的足迹”。
宫野厚司——宫野志保的父亲，科学家，已故。在科学界以“被业界驱逐的疯狂科学家”而知名。在发表会类的活动中遇到过阿笠博士，并表示过对阿笠博士的发明感兴趣，是个相当直爽的人。在组织中与妻子一起进行“使死者复活的秘密药物”的研究，在实验中因事故死亡（根据组织的报告）。初登场：312-313“夕阳染红的女儿节人偶”中被哀提到。
宫野艾雷娜——宫野志保的母亲，已故。被称为“Hell Angel（地狱天使）”，可能是英国人。从英国到日本留学时遇到厚司，此后结婚。性格忧郁阴沉，哀的阴沉是她的遗传？与丈夫一同死亡。还有很多未可知之处，但是从留给女儿的录音带中可以了解到她其实很关心哀。初登场：329-330“金钱买不到的友情”中被博士提到。
Calvados （卡尔瓦多斯，苹果酒）——组织人物之一，已故，似乎是Vermouth的助手。头次出场就被赤井秀一打断双腿然后自杀了，真是个倒霉的家伙，连个面都没露，连句话都没说出来……初登场：345“与黑衣组织的直面对决，满月之夜的双重谜案”。
Kir（基尔酒）——女主持人水无怜奈。在一次组织的暗杀计划中失败并出了车祸，受了重伤，至今仍昏迷不醒。初登场：425“黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸出的瞬间”。
Chianti（基安蒂）& Korn（科恩）——很厉害的阻击手。因为Calvados 的死，都很讨厌Vermouth。Chianti想杀了她，但是因为“那位先生”喜欢Vermouth，她没有下手。初登场：425“黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸出的瞬间”。
“那个人”（暂定代号：XO）——黑衣组织的最终Boss，身份不明。有能力进行APTX4869的开发及暗杀、绑架、各种恐怖活动的超级人物。非常神秘，从未现身。