《合金装备》全系列的故事
Metal Gear Solid 3 Snake Eater
二战结束后，世界分为东西两大阵营,美苏两个超级大国开始对峙，进入冷战时代，美国为了应付冷战的谍报任务,THE BOSS成立了特种部队FOX UNIT. 不久后苏联也为了应付冷战的谍报任务,成立了特种部队HOUND UNIT。1963年METAL GEAR的主体开发完成,并被制造出来了。此时在苏联GRU上校认为时机成熟准备叛乱,目标为夺取METAL GEAR，妄图来征服世界，计划绑架苏联科学家，METAL GEAR的研发者-索科洛夫博士。而索科洛夫博士则美国提出求救,Snake临危授命，空降到诺亚斯克山区，降落到地面后正式开始"正义作战行动 (COMMENCING VIRTUOUS MISSION)",任务目标为确保索科洛夫博士的安全并将其成功带回来。但是任务失败了，而且更糟的是GRU上校Thunderbolt发射了THE BOSS带来的两颗自带手持发射装置的微型核弹。核弹爆炸引起苏联的震动，接着THE BOSS被美国出卖，核掸爆炸所引起的一切责任都推到THE BOSS头上，成为世界的罪人。第一次任务未完成，Snake又被安排了新任务，被安排去了解这场危机，解决掉这其中所有对美国不利的人，因为将要面对的敌人中有THE BOSS创立的眼镜蛇特种部队，行动代号取名“食蛇者(Snake Eater)“。任务中又邂逅了另一名间谍EVA。在EVA的帮助下，Snake成功潜入守卫METAL GEAR的基地，消灭了眼镜蛇部队，摧毁了METAL GEAR，最后忍痛杀了自己的导师THE BOSS，在第三国女特工EVA的帮助下，他回国后被授予"BIG BOSS”称号。
这时的BIG BOSS才醒悟到这一切是一个骗局，他想好了自己以后该走的路，就是不要相信，并继承了THE BOSS的意志，就是要靠要用强硬的手段再让东西方统一。BIG BOSS后来成立了FOXHOUND，开始用自己的意志来处理世界上的各种争端。
Metal Gear Solid Operation Portable
Ops的故事发生在1970年，食蛇者作战后的第六年，在知道被国家背叛后，Big Boss，这位当时的Snake开使对他的上级不满，不久，Big Boss带着他的老部下离开了狐狸部队（FOX UNITE），不幸的是，事情没有这么简单。
狐狸部队在南美发动叛乱后，Big Boss被政府逮捕。他建立了猎狐犬部队（FOXHOUND Unit）来洗刷自己的罪名。这是狐狸部队已经控制了一种危险的终极武器，这就是Big Boss将要和他的部队前去战斗的东西。
Metal Gear Solid Peace Walker
PW的故事发生在1974年。Big Boss受哥斯达黎加女学生Paz（实为Zero部下）与和平大学和平专业教授Galvez（实为KGB间谍）之邀请，去哥斯达黎加剿灭一支与CIA关系密切的佣兵部队，发现这支部队是由CIA中南美分部头目Coldman领导的；而且由Dr.Strangelove和Dr.Huey（Otacon之父）正在负责研制有AI部分的Metal Gear从而得到核抑制力，向美国方面发布苏联即将对美国全境进行核打击的假信息；虽然Big Boss最终抓住了Coldman，但是此系列MG的最终产品——Peace Walker被Coldman在弥留之际开启了核武器发射模式，准备向美国境内发射核导弹，从而真正挑起世界两大军事集团的正面冲突，最后这场阴谋还是被 Big Boss和他的MSF军及时制止了。
经过这一事件，Big Boss决定把MSF（士兵无国界）发展为Outer Heaven。
Metal Gear
Outer Heaven危机
1995年，一个由雇佣兵组成的军事要塞国家OUTER HEAVEN悄然在南非建立。
不久，西方国家得到情报，在OUTER HEAVEN的地下，有着一件足以重写战争历史的大规模毁灭性
武器。特种部队——FOX HOUND的最高指挥官BIG BOSS在接到指令后，派出了他最好的士兵，代号“灰狐”潜入了OUTER HEAVEN，这次行动的代号为“侵入行动N313”。
过了几天。灰狐就与部队失去了联络，他向部队发出了最后情报是就是“METAL GEAR......”
BIG BOSS又派出了一个刚刚加入“FOX-HOUND”的士兵SOLID SNAKE来继续处理此事。 SNAKE成功的潜入了OUTER HEAVEN的外围之后，成功的救出了灰狐。并且了解到了有关METAL GEAR的情况，METAL GEAR是一种能够在地球表面的任何一个地方对地面上的任何目标实施核打击的步兵战车，OUTER HEAVEN可以利用METAL GEAR建立起对整个世界的军事优势。为了进一步了解METAL GEAR的情况，SNAKE顺藤摸瓜还救出了Petrovich Madnar博士, Madnar是被Outer Heaven绑架后强迫进行技术开发工作的，METAL GEAR正是博士开发研究出来的。Snake还救出了博士的女儿Ellen，出于感激，博士告诉了Snake关于Metal Gear的弱点和破坏的方法。正当SNAKE一步步接近METAL GEAR的时候，各种致命陷阱在威胁着SNAKE。SNAKE所有的行动敌人都了如指掌！
在逐步升级的战斗中， SNAKE在跟Outer Heaven最优秀的雇佣兵战斗中受伤了！凭借着他那不屈不挠的精神，SNAKE来到了开发METAL GEAR的秘密基地，第100层地下室。经过了一场艰苦战斗SNAKE终于摧毁了METAL GEAR。
任务完成！SNAKE开始逃离OUTER HEAVEN，一个男人挡住了SNAKE的道路，他正是OUTER HEAVEN的创立者——FOX HOUND的最高指挥官BIG BOSS！！
BIGBOSS之所以派SNAKE来执行任务，是认为SNAKE没有经验，试图让任务失败，从而达使“西方”的信息混乱的目的。但是BIG BOSS想错了。他没有想到SNAKE能够如此优秀.
失去了METAL GEAR，BIGBOSS感到绝望。他大喊着：“你们已经走得太远了太远了！”同时也启动了基地的毁灭装置。
在地下100层，两个优秀的军人开始了最后的决战!最后，SNAKE战胜了BIGBOSS。同一时候， 由最强的雇佣兵驻守的武装要塞——OUTER HEAVEN，在火焰中消亡了。当OUTER HEAVEN崩溃时，只剩下SNAKE一 人生存下来......
METAL GEAR 2 Solid Snake
随着美苏关系缓和，国际局势区域冷却，世界军事力量进入了互相压制的时代。
1999年，在中东某国突发暴动，Zanzibar（桑吉巴尔岛）上的一个军事管制临时政府，突袭了世界各国的“核武器临时安置库”，夺取了那些并未来得及按照和平条约销毁的核武器。这样一来便成为了世界上唯一拥有核武器的国家，对世界范围内造成了严重的核威胁。
同年，Marv博士被Zanzibar的武装力量所绑架，因为Marv博士发现研发了一种叫做 OILIX的微生物，一种能精练石油的细菌。Zanzibar力图通控制过核武器和“OILIX”控制达成其控制全球的军事目的。对于Zanzibar的核武器威胁，为了世界的和平与稳定，避免一场核危机即将爆发，FOXHOUND特种部队临危授命再次出动。
在上次的Outer Heaven的事件中被BIG BOSS出卖FOXHOUND特种部队又回到了新司令官Roy Campbell手中，在其召唤下，已经退役Solid Snake再次接受了任务。
任务目的是潜入Zanzibar Land，救出Marv博士和销毁新型的Metal Gear。Snake独自潜入了Zanzibar，然而在任务中，Snake发现了Zanzibar's组织的首领竟然是前FOXHOUND的队友 Grey Fox。经过苦战，Snake终将这夕日的战友亲手打败。然而事件还没完，Snake和“BIG BOSS”再度相遇，从塞外天国的火焰中生还的Big Boss，并驾驶着新型的Metal Gear回来了！经过一番苦战，Snake终于手韧了自己的老爸。任务完成后，Snake再度退出了FOXHOUND部队，独自隐居在偏远的阿拉斯加山双子湖地区。
1990年代末…整个世界终于步入了和平和稳定的时期.
两个在冷战时期闹得不可开交的超级大国之间的关系总算有所缓和.
地区间的冲突似乎也被解决,所谓的核大战威胁,好像已经是很久以前的事情了…
但是,总是会有那么一些人对和平报有敌对情绪…
中东地区的紧张气氛正在慢慢形成.
Zanzibar Land, 一股小武装集团力量悄悄地掌握了*,这个和中国,前苏联以及中东都有接壤的小国成为了不稳定的中心…
Zanzibar Land开始攻击世界上所有的核武器储备点,占据了那些还能工作的核武器,使自己成为了世界上唯一的核武器拥有国.
随后,它开始肆无忌惮的侵略周围的国家.
已经宣誓同核武器断绝关系的和平世界在一次笼罩在了核武器战争这一死而复生幽灵的魔爪之下.
困扰整个世界的不仅如此,还有已经宣称还能持续开发40年的石油储备…似乎一夜之间毫无征兆的突然枯竭了.在没有合适的替代能源出现之前,整个世界都陷入了严重的能源危机之中.
就是在这些恐怖的情况之下, 一位捷克的生物学家, Kio Marv博士开发出了一种名为OILIX的细菌,它能合成高纯度石油!这个发现让本已动荡不安的世界局势被推倒了又一个紧张的高潮之中---Kio Marv博士在去美国参加科学会议的时候,被从Zanzibar派出的特工绑架了.
现在,同时拥有世界唯一的核武器和石油来源OILIX的Zanzibar开始计划武力征服世界的行动.
一个仅有几微米长度的细菌正在改变着整个世界的局势…
Metal Gear Solid (影子摩西岛)
在 Shadow Moses 事件中,在位于影子摩西岛的核武器废除基地正在举行的演习的高科技特种部队FOXFOUND突然发起武装暴动，当时的FOXHOUND已经成为了一支反恐部队。其队员，都经过严格检测筛选，具有优秀战士DNA的最精锐部队，这支强悍的作战部队队员，甚至被灌以超人称号。
FOXHOUND武装控制了阿拉斯加海域上的 Shadow Moses岛，掠夺了新的Metal Gear"REX"，并以发射核弹作为要挟，要求得到20世纪最强战士—BIG BOSS的遗体和10亿美圆。这是历史上规模最大的恐怖行动。应美国的请求, FOXHOUND 的旧任指挥官-陆军上校 Roy Campbell 作为解决此次事件的总指挥官，由他召回在已经阿拉斯加隐居的传说之战士“Solid Snake”，来完成最后一次被认为不可能完成的任务。任务目的是在24小时内，解救被作为人质的DARPA局长唐纳德-安德森与ARMSTECH公司总裁肯尼斯-贝克，打击暴动的FOXFOUND，解除他们的武装与Metal Gear的核威胁！
Snake 这一次潜入到基地的核心.Snake发现叛变武装的首领是Lquid Snake。Liquid身边的是FOXHOUND部队里最顶尖的成员，gunslinging torture、左轮、心理螳螂、乌鸦、狙击狼、伪装大师章鱼。而Liquid Snake的目的就是企图得到BIG BOSS后，通过基因技术，筛选那“传说中的战士”的基因，实现优化DNA精锐战士部队的量产化。
在行动中, Snake得到了Hal Emmerich 博士的协助. Hal Emmerich 博士(代号 Otacon)曾经参与过合金装备的研制工作。任务中Snake不幸被捕，却意外邂逅了坎贝尔上校的侄女-Meryl，帮助Snake成功越狱，任务后成为了Snake的爱人。另外,Snake还遇到了个神秘忍者。其实神秘忍者的真正身份是Sanke的FOXHOUND战友-Grey Fox, 也是在 Zanzibar Island （桑吉巴尔岛）事件中投靠 Big Boss 的 FOXHOUND 成员. 不过, 他这一次来是要助 Snake 一臂之力的。在FOX的帮助下, Snake 成功地摧毁了REX, FOX光荣牺牲。 最后Snake找到了恐怖组织的首脑 Liquid. Solid Snake 和 Liquid Snake两人都带有20世纪最完美的战士Big Boss的基因。他们两人之间展开了一场激烈拼杀。最后还是 Snake 击败了Liquid。任务完成之后, Snake和Meryl一起消失在阿拉斯加的冰天雪地中，传为经典！
Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty
经过上次影子摩西岛事件后，Snake加入了国际性组织，与OTACON博士合作调查新型 “METAL GEAR”的详细资料，并向全世界发表以阻止其生产。Snake潜入停泊在港口的美军的一部运载着新型“METAL GEAR”的油轮内，搜寻所需的资料。但是上船后不久就发生了突发事件，军舰被一伙似乎是俄军的武装组织占领，Snake从望远镜里面看见武装中其中一人是苏联GRU的上校GURLUKOVICH。随后Snake先是和武装成员，GURLUKOVICH的女儿OLGA展开枪战，后终于找到了新型号的 METAL GEAR RAY。找到METAL GEAR RAY后，便用手持数码相机拍照做为证据。利用电脑将照片传送给了OTACON。 就在这时OCELOT也杀出，而OCELOT的体内似乎存在着LIQUID的意志。OCELOT成功地将METAL GEAR RAY夺走，破坏了油轮，SNAKE也消失在茫茫大海之中，生死未卜
2009年
在METAL GEAR RAY被夺走的“TANKER事件”后两年，美国总统和一批政要被恐怖份子“DEAD CELL”绑架在一个名为“BIG SHELL”的海上装置上。并索要30亿美元，否则除了杀死全数人质外，还会将“BIG SHELL”炸毁，令该处的有毒废料严重污染海洋。为了解决此绑架事件，派出代号为“RAIDEN”的特工。
雷电成功地潜入，碰到了由Snake假拌的PLISKIN，完成了拆除C4的艰巨任务。在和总统见面后得知不少关于这次事件的真相，此次绑架事件的首领为“SOLIDUS snake",BIG BOSS又一个克隆体，而且竟然是自己的养父。为了阻止新型METAL GEAR“ARSENAL GEAR”的启动，RAIDEN从总统手上接过载有病毒程序的光碟，以及奉命寻找ARSENAL GEAR主程序员之一的EMMA，以阻止发生核弹危机。后来RAIDEN找到了OTOCON的妹妹EMMA。可惜病毒战术未能生效，最后还是没有阻止得了 ARSENAL GEAR的启动，而EMMA在哥哥OTACON身边死去。
ARSENAL GEAR终于还是启动，而RAIDEN也被由OLGA假扮的“X先生”抓到SODLIUS处。但随后又得到OLGA的帮助，RAIDEN成功逃出。
在消灭了许多量产型METAL GEAR 后，RAIDEN和SOLIDUS展开了大决战。并最终将SOLIDUS击败。
实际上，雷电是“爱国者”组织S3计划的核心，S3的真正含义是SELECTION FOR SOCIETAL SANITY（民智选择），其真正意图是控制人类的思想。雷电在BIG SHELL中的行动是S3的最后一步，经过雷电的整个战斗过程，爱国者组织已经完成了S3计划的最后信息收集。
Metal Gear Solid 4 Guns of the Patriots
这一次的故事是在数年后的未来世界，该年代中战争被为军事请负企业雇所支配，各企业派遣佣兵派遣到各地去作战，而非是由国家来作战，战争成为了企业经营的一个商品，已经年老主角 Solid Snake 表面是一名潜入到战场中作战的士兵，以对抗这一种名为战争经济的模式,实际上被派去暗杀几大佣兵公司(PMC)的幕后操控者，也是他的老对手 ----Liquid Ocelot,然而，一切都并非表面上的简单一切都起于爱国者，一切又必须从爱国者这里终结。