类似泡泡堂的游戏。有些特殊的怪物被杀死后会变成蛋，被碰一下就成了自己的宠物。宠物也有特殊技能，如疾走和转弯。
001过山车谋杀案(黑色组织——杜松子酒、伏特加出现，工藤新一喝了APTX4869变小。幕布打开)
002董事长的女儿被绑架事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名江户川·柯南)。
005新干线爆破(柯南在漫画中第一次得知了杜松子酒和伏特加的代号，但这一集在动画中被修改了，杜松子酒和伏特加变成了长相相似的两个人)。
013奇怪的谋杀(宫野明美出现了。这一集在动画中做了修改，内容和漫画有很大不同)
043江户川柯南诱拐(父母知道变小了)
048~049外交官谋杀案(服部平次出场，工藤新一首次恢复)054电子游戏公司谋杀案(龙舌兰酒出场，被杀)057~058福尔摩斯范谋杀案(平治知道他的身份)。
128黑暗组织抢劫10亿(宫野明美死了，黑暗组织浮出水面)129黑暗组织杀害一名大学女教授(海原艾现身)
131竞技场无差别胁迫(第二部)(足原说工藤新一半个世纪前就和组织有关系)176告别黑暗组织(足原)(派斯克出现)
177与黑暗组织告别(柯南)(宫野志保第一次恢复)178与黑暗组织告别(解)(皮耶斯克被杜松子酒灭口，贝尔摩出现)188十字路口复活——山洞里的侦探队。
189危急生命的复活_受伤的侦探
190危急生命复活_第三种选择(工藤新一第二次复苏)
191暴复活_黑骑士192暴复活_新的回来了193暴复活_约定的地方226格斗游戏的陷阱(上集)(朱迪的出现)227格斗游戏的陷阱(下集)230谜一样的乘客(上集)
258个来自芝加哥的男人(上)(詹姆斯·布兰克出场)259个来自芝加哥的男人(下)269-270犯罪的遗迹(毛利小五郎的档案被偷，目标是柯南)
271-272匆忙掩盖疏忽(灰原疑似，情况危急)
277-278英语老师VS西方著名侦探(柯南请博士调查克里斯·宾亚德)
279-280《迷宫的黑暗》(克里斯被发现是已故美国明星莎伦·宾亚德的女儿)。)
286-288工藤新一纽约事件(贝尔摩以凶手身份出现，布兰奇追踪到他)307无声证据(第一部)(再次抓住黑暗组织的尾巴)308无声证据(第二部)(下集介绍)
309-311与黑暗组织接触(柯南得知该组织正在雇佣计算机工程师编写一个神秘的系统软件)329-330金钱买不到的友谊(本集提到了阿沙拉之父宫野厚司)。这是阿笠博士的一个老熟人。)335-336东京闪灵工作室的秘密(Ashhara被跟踪，意想不到的事情来了)
338-339四辆保时捷汽车(朱迪和阿凯发现阿沙拉与黑人组织有关联)
340-241藏在厕所里的秘密(阿沙拉在厕所里发现了母亲留下的录音留言)
343-344便利店的陷阱(小兰在朱迪公寓的墙后发现了照片，引起了对朱迪身份的怀疑)345对抗黑组织！月圆之夜的双星神秘事件(朱迪、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯省出场，被阿凯打断后自杀，第一次交锋告一段落)
346-347寻找p股上的印记(清理最后一集)
361-362迪丹高中闹鬼学校(真正的新博士归来)374星星和香烟的暗号(第一部)(一开始柯南记得凶手想打电话给警局里鸟取县的朋友，但最后没打，怀疑是不是和组织有关)。
375颗星星和香烟的暗号(第二部)(结尾，柯南听到村警拨鸟取县老奶奶的按键声，震惊了。其实和贝莫多输入老板手机号时的击键很像。推测老板在鸟取县)385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(老板手机号被发现，斗争新动向)394-396怪屋奇遇(老板手机号被柯南破解，似乎对老板有所了解)400小兰(小兰再次怀疑柯南的身份，但被柯南解决)425是有组织的魔掌触碰的瞬间(水无怜奈、基安蒂酒、科恩出现，硝烟再起)。
427-428到处都是神秘的上学方式(这一集，一个长得像海原艾的学生突然失踪，引发了柯南的一系列猜想，最后只是虚惊一场。最后小兰提到他们学校新来了一个转学生，长得很像主持人水无怜奈)。
429-430回不到以前的两个人了(英佑出现在这个大厅)
黑暗组织的影子，年轻的见证者(本堂的应友行为怪异，引起了柯南的注意)，黑暗组织的影子，奇妙的灯光。
464黑暗之影组织，神秘高额悬赏465黑暗之影组织，流星之珠，484-485黑色照片的下落(第一部分)
491红黑的碰撞开始了(最精彩的系列， 必看)492红与黑的碰撞血缘493红与黑的碰撞绝对叫494红与黑的碰撞鬼土495红与黑的碰撞昏睡496红与黑的碰撞入侵497红与黑的碰撞觉醒498红与黑的碰撞不安499红与黑的碰撞迷彩500红与黑的碰撞遗言501红与黑的碰撞猜疑502红与黑的碰撞白503红与黑的碰撞。
507-508卡拉ok包房一角(这个大厅的应友知道柯南是工藤新一，柯南在得知美国联邦调查局有人死了之后想:没问题。这也成为赤井秀一没死的疑似证据之一)
509红白黄侦探小组(水无怜奈发来消息，该组织派出代号为波旁的成员调查雪莉。当冲矢昴出现时，海原爱注意到了一些不同。)510柯南VS W码之谜。
511推理对抗！新沂VS冲矢昴
521杀人犯，工藤新一
522-523新一的真实身份与兰的眼泪
524-525可恶的蓝色火花(成功破案，柯南和常默契配合)542-543让鱼消失的墙角石(的话几乎传到了灰色平原)。
547和犯人在一起的两天(第一天)。柯南被劫为人质，但有惊无险。
558死亡博物馆赤壁(三考虑的礼物)559死亡博物馆赤壁(掌中之物)560死亡博物馆赤壁(孔明之死)561死亡博物馆赤壁(空城计划)死亡博物馆更经典！
563-564侦探兵团VS土匪兵团(疑似赤井秀一的人出现)
578召唤危机的红色预兆(美国联邦调查局在找秀吉；冲矢昴也出现在米花楼)
579黑和13提示(疑似秀吉和冲矢昴的人同时出现，局势再次混乱，疑似赤井之死)580急黑时限(水无怜奈疑似借杜松子酒不杀赤井秀一，准备杀水屋，攻打赤井秀一。但事实上，波旁威士忌是在冒充赤井秀一。从贝尔摩那里得知老板的命令后，波旁酒和杜松子酒有了区别。)
581红摆靶(水无怜奈被琴酒怀疑没有杀赤井秀一，琴酒准备让基安蒂酒用假红井进攻波旁但失败)。
616-621伦敦系列(工藤新一第四次光复，工藤新一第一次向小兰告白)623紧急252(第二部)(冲矢昴的怪异举动证明他洞察力强，身手不凡)
646-647幽灵酒店的推理对抗(世良真纯出现)
648-650侦探事务所凯奇城事件(世良真纯调查柯南，怀疑柯南和工藤新一有某种特殊关系)651东西方侦探推理对决(最后朱迪、卡梅隆和詹姆斯出现，詹姆斯明明认识世良真纯，一眼就认出她是女生，还故意说不认识她，令人生疑)。
656-657医生的视频网站(石亮在第一次看到医生上传的视频时就发现了医生眼镜里印着的海原爱的影子，并从严光和源泰打听了“医生的小姑娘”(也就是海原爱)和她的邻居(也就是)的情况，可见她对足原很感兴趣。他对着冲矢昴的窗户说，“我还以为是谁刚搬进来，现在看来，真是杞人忧天……”最后，世良把视频中灰色平原的意外图像从电脑中删除了。)667-668婚礼前夜(安氏通出道)
671-674侦探的噩梦(一个简单的案件引出波旁、安士头、世良真纯、冲矢昴相见，感觉很陌生；海原爱感觉到黑色在靠近，说明上面的人有一个是波旁人；最后，伯莫多似乎与波旁通了电话，而上述三人也在通话中，这进一步证实了波旁就在他们三人之中，即安头、世良真纯和冲矢昴。
675-676和1mm的区别就不行了(上一集提到的一些内容，让海原爱想起冲矢昴和诸兴达(也就是赤井秀一)有些联系，暗示冲矢昴可能是假扮赤井秀一，赤井秀一没死)。
681-683赌一生的爱播(一开始少年侦探队在警视厅遇到安世头，安世头说话很奇怪，进一步介绍了674集的发展；最后高木涉和佐藤美和子去见伊达航的时候发现有一根牙签，不过牙签是安世头送的，安世头称伊达航为老朋友，其中有玄机)684-685泡泡、热气、烟雾(剧中提到了海原爱对冲矢昴的认识:前几集提到他扮成赤井秀一；冲矢昴表现出很强的洞察力。结尾冲矢昴称海原爱为公主，可能是对这个嫂子的昵称，因为赤井和海原爱姐姐谈过恋爱)