合金装备2:自由之子的游戏背景
固体？点心(缩写:Snake，意为:索利德·斯内克)加入反对《合金装备》的国际组织，与奥塔康博士合作，调查新《合金装备》的细节，并向全世界公布，停止其生产。斯内克潜入停泊在港口、载有新型“金属装备”的美国“发现”号油轮，搜寻所需信息。然而，登船后不久就发生了紧急情况。这艘军舰被一群似乎是俄罗斯军队的武装团体占领。斯内克通过望远镜看到其中一人是苏联格鲁的上校古尔卢科维奇。
油轮物品
在油轮的船舱里，斯内克证实了金属齿轮射线的存在。油轮被与山猫联手的格鲁维奇上校为首的俄罗斯武装力量劫持。随后斯内克与古鲁科维奇的女儿奥尔加展开枪战，最终找到了金属齿轮雷的新型号。找到金属齿轮雷后，他用手持数码相机拍下照片作为证据。照片通过电脑发送到OTACON。
在对抗中，美国海军指挥官斯科特和格鲁维奇被山猫队突如其来的兵变杀死。最让蛇震惊的是，液蛇(缩写为液蛇)被移植了右臂的山猫复活，占据了山猫的身体，用金属齿轮射线摧毁了油轮，逃入深海。
斯内克生死不明，有杀死斯科特，带走雷，摧毁油轮的骂名。
大贝壳文章
两年后，在油轮沉没的曼哈顿海岸，建造了这个大贝壳来清理漏油。一个自称死亡细胞的恐怖组织劫持了到访这里的总统和政府官员，并威胁政府支付巨额赎金。
猎狐部队的新特工雷电奉命潜入大贝壳营救总统和人质。
雷电遇到了被外界传言已经死亡的蛇的帮助。随着行动的深入，雷电发现大贝壳事件不过是多年前“影子摩西岛事件”的模拟，操纵者都是超越国家和政权的神秘爱国组织。索利达斯·斯内克，死亡细胞的首脑，前总统，雷电的养父，蛇液的克隆兄弟，发动恐怖袭击只是为了摆脱爱国者的控制，但他没想到，他的行动是计划的一部分。
最终藏在大贝壳下部的阿森纳Gear的AI失控，阿森纳Gear坠毁在曼哈顿。在联邦纪念馆的屋顶上，雷霆和索利斯父子的对决不可避免。
故事以Solidus的失败而告终，但爱国者组织的嘴脸才刚刚露出冰山一角。