口袋妖怪红宝石蓝宝石的游戏设定

口袋妖怪红宝石蓝宝石的故事设定在与之前官渡、成都地方有一定距离的富庶之地。设计以日本九州岛和九州为原型，但相比原型旋转了90°，因为增田俊一觉得这样会带来更好的游戏平衡性。该地区包括九个城市，六个城镇和许多景点，通过道路相互连接。津田顺义宣称，地名来源于汉字“易”，意为丰原是一个“富有缘分”的地方，代表了人与神奇宝贝关系的主题。和口袋妖怪主线系列的其他作品一样，这款游戏是一款线性游戏，主要情节按照固定的顺序发生。游戏的主角是一个刚搬到白微镇的孩子，他的父亲是邻近橙城的一名道教教练。游戏开始时，主角可以从奥德胡安博士那里选择木守宫、火稚鸡或水月鱼作为初学者的神奇宝贝。医生的孩子(性别与主角不同)也是一名神奇宝贝训练师，也是主角的敌人和朋友，在剧情中也会和主角打几次架。游戏的两个主要目标是击败八个道观的主人，然后击败四大天王成为新的冠军，并捕获所有386种神奇宝贝，完成神奇宝贝插图。

在前往第一个展馆的路上，主角遇到并击败了一个敌对组织，救出了文德制造有限公司的研究员并夺回了被盗的物品。在第三个亭子后，主角将再次遇到敌对组织，当他来到严复镇。这一次，他们将索兰塞博士绑架到附近的流星瀑布，主角到达后，他们已经携带陨石撤离。主角随后追击烟囱山，敌对组织试图利用陨石的力量改变丰原地区的环境，被主角阻止。剧情发展到第五厅后，敌对组织展开了下一个阴谋。他们试图从119路的气象研究所偷走可以改变天气的神奇宝贝漂浮泡泡，但立刻被玩家阻止。第六大厅后，敌对组织从神火山顶偷走了可以控制传说中的神奇宝贝古拉多和盖欧卡的红色宝珠(或蓝色宝珠)，并偷走了凯娜城策展人科斯诺吉的潜水艇。主角紧追不舍，潜入指挥部，但来不及阻止潜艇离开。敌对组织将潜艇开到传说中神奇宝贝所在的水下洞穴，用红色球体(或蓝色球体)唤醒它。后者立即来到刘力市的觉醒寺，丰原的天气也发生了巨大的变化。直到主角冲到觉醒神殿，打败(或俘虏)古拉多或盖欧卡，敌对组织的阴谋才彻底瓦解，世界恢复正常。