游戏Halo世界观系列10: Halo 2完成游戏的整个故事，没有解释。
星际联盟疯狂寻找致远的先锋水晶被哈尔西抢走了。受晶体影响，飞船在跃迁过程中被困在时空泡中。为了修补飞船的漏洞，和斯巴达安东-044和李-008都死了。
他们来到叛军基地修理飞船，并与叛军达成了暂时的和平。哈尔茜修理了琳达。在发现约翰逊患有鲍伦综合征后，哈尔西给了中士两个芯片，一个用于常规分析，另一个用于可能杀死约翰逊的源文件。她让中士决定把哪一个给哈里森。
哈尔西认为人类的失败是不可避免的。她将水晶交给洛克利尔保管，然后和凯利一起秘密驾驶反抗军首领的飞船，希望能拯救更多斯巴达人的生命(奥星三期)。哈尔茜把这次叛逃看作是自我救赎。洛克利尔破坏水晶是为了防止它落入追星联盟手中(这家伙也是英雄)。
科塔纳得知，星际联盟舰队正在集结，准备攻击地球。数百艘战舰集结在不屈的导师基地(星际联盟的一个指挥控制中心)周围。事实上，这些舰队是在真理先知的指挥下，他已经知道地球是人类的家园星球，并获得了她的位置。但他并没有将这一重要消息告知忏悔先知和慈悲先知，而这支庞大的舰队主要由鬼面兽指挥。真理先知打算借它。
中士带领斯巴达炸毁了星际联盟不屈牧师的反应堆，维康批准了他的行动。Vitkon和Harrison航行到地球报告即将到来的星际联盟入侵，然后他们意识到仅仅让地球得到很好的防御是不够的，于是他复制了先锋水晶，航行回到了不屈牧师的位置。士官长等待斯巴达成功启动反应堆自毁程序后撤离到安全地带，但Grace-093还是死了。维特康和哈里森带着尚正义冲向即将爆炸的反应堆。星际联盟集结的500艘战舰被先锋水晶吸引到尚正义。随着反应堆的爆炸，几乎全部被毁，只有12幸存。维特康和哈里森壮烈牺牲，军士长等5人带着光环和洪水的信息和珍贵资料返回地球。
因为环带04被摧毁，战舰尚正义号被人类俘虏，博爱之城的高层先知决定对为此负责的指挥官Thel'Vadam发起审判。提尔·瓦达姆是尚正义所属的特别正义舰队的指挥官。在战争中立下汗马功劳的蒂尔被议会指控为异端。他无法继续指挥舰队对抗人类。他只能成为早已被先知污名化的仲裁者(仲裁者)，从事存活率极低的自杀任务。
真理先知将不屈牺牲的湮灭视为一个小小的挫折，他命令塔罗斯将幸存的12艘战舰集结在指定位置，这些战舰后来被用作忏悔者进攻地球的增援(援军)。
先知自白独立得知地球上有一个通往方舟的传送门，却不知道那是人类的家园星球。他只带领两艘攻击航母和13巡洋舰攻击地球。此时，胡德司令正在轨道防御平台(ODP)开罗站担任中士，被约翰逊上尉和凯斯上尉授勋。老队长基思的女儿米兰达·凯斯(Miranda Keyes)代表父亲出席了仪式。她是穿着琥珀色盔甲的轻型护卫舰的舰长。由于忏悔者的攻击，仪式仓促结束。胡德司令命令哈珀的第五舰队返回轨道防御平台。人类舰队以巨大的数量优势击败了星际联盟特遣部队，但也遭受了不小的损失。
在UNSC舰队的攻击下，星际联盟的两艘航母继续深入。即使科塔那在开罗站用MAC炮攻击了庄严的苦修，也没有阻止它向地表的新蒙巴萨城进发。
星际联盟用反物质炸弹炸毁了轨道防御平台的雅典和马耳他站，还在开罗站安放了炸弹。中士奉命找出星际联盟在开罗站安放的炸弹，并在途中救下米兰达上尉，让她登上琥珀铱星。中士带着找到的炸弹独自跳入太空，利剑拦截器在星际联盟航母朱比利日的反应堆核心开了一个缺口，中士将炸弹推进缺口彻底摧毁。
先知告解在新的蒙巴萨城内和周围部署了地面部队。为了摸清星际联盟的意图，中士奉命活捉先知忏悔者。中士和海军陆战队登上的三只鹈鹕在旧蒙巴萨遭到圣甲虫攻击，重新集结，向新蒙巴萨B区推进。他们在河道里困住了圣甲虫，中士摧毁了它。然后是约翰逊。
星际联盟的部队撤到庄严告白处准备撤离。与此同时，第五舰队开始命令ODST登船逮捕忏悔者。在部署过程中，爱德华·巴克领导的A(阿尔法)-9小组不得不接受ONI的秘密指示，他们的着陆点被重新定向。庄严的告白突然有了气氛的转变，胡德司令批准了米兰达的追击计划。琥珀铱跟随庄严的告白进入过渡空间。新的蒙巴萨城在过渡中被摧毁，许多没有登陆的ODST受到了EMP的影响，幸存者分散在城市各处(更多细节在下一期《地球战争》中)。
成为仲裁者后，提尔·瓦达米的第一项任务就是将塞莎·茹米从门槛瓦斯矿中救出。在04光环被摧毁后，343邪恶火花发现了被困在这里的Sesa' Rumee，揭示了光环的本质。Sesa' Rumee立即带领他的手下造反，成为反对先知的异端。他到处传播真相以获得支持。
为了阻止仲裁者，塞萨尔·弗拉米在特定区域释放了洪水魔，但他率领的叛军很快也遭到了洪水魔的攻击。仲裁者得知异端起源于被视为天使的343邪恶火花时非常惊讶，但仲裁者最终找到并杀死了塞萨尔·弗拉米，异端被平息。当他目睹了塔塔罗斯对343邪恶火花的粗暴回收，鬼面兽对天使的态度让他愤怒。爱之城和星际联盟舰队离开了临界星。
琥珀铱在庄严告白后立刻跳出跃迁空间，他们发现了另一个光晕——05(人类变成了德尔塔光晕)。为了防止忏悔先知发射光晕，中士和ODST降落在轨道舱，试图找到并杀死忏悔先知。中士到达忏悔先知所在的神庙后，天空中出现了兄弟会和星际联盟的庞大舰队。军士杀了告解先知，逃出殿中。为了躲避星际联盟航母的等离子攻击，中士跳入湖中。
真理的先知开始实施他的计划。他用一只鬼面兽取代了千百年来一直由精英把持的荣誉卫队。并且通过对343个邪恶火花的不断检查，他了解到必须得到索引器才能发射光晕。这成了仲裁者的下一个任务。他到达了洪水被塔罗斯幻影严重淹没的图书馆。与此同时，米兰达和约翰逊等人类士兵已经进入图书馆，洪水杀死了大量人类士兵。不过米兰达还是拿到了索引器，随后赶到的仲裁者惊呆了约翰逊。当米兰达正与仲裁者搏斗时，塔塔罗斯赶到，抢走了索引器，带着米兰达和约翰逊离开了。塔洛斯愤世嫉俗地承认，反对精英的行动是受到先知的启发，仲裁者在震惊中被击落在深渊中。尸脑兽的触角抓住了他。
在尸脑兽的洞穴里，警长终于见到了仲裁者。尸脑兽通过忏悔先知的忏悔切线(2401忏悔切线)和已经被吸收的05晕导向仲裁者揭示了真相。尸脑兽说服了军士长兼仲裁者* * *阻止了光晕的开始。他把它们发给了两个可能的索引器，警长被送到了博爱之城，仲裁者被送到了00。
军士开始在博爱之城追寻真理先知和慈悲先知。此时，星际联盟的大分裂已经开始，精英开始攻击先知和鬼面兽。被洪水控制的琥珀铱星跳进博爱城坠毁，洪水开始蔓延。真理先知把索引器交给塔洛斯，命令他启动05光环。真理先知和慈悲先知计划冲向无畏号，但慈悲先知在离开前被洪水感染。真理的先知逃脱了。塔·塔罗斯和米兰达、约翰逊乘坐两艘幽灵船逃走了。警长后来来了，从可怜的先知那里得知了真相。先知计划乘无畏号去地球。为了阻止真理先知，士官长在科塔那的帮助下通过能量管道进入无畏舰。但科塔纳自愿留下来阻止洪水的蔓延，打算通过爆破琥珀铱反应堆再次做同样的事情，但被尸脑兽捕获。
仲裁者很快成为精锐叛军的领袖。他们袭击了鬼面兽的堡垒，被囚禁的约翰逊趁机逃脱。为了阻止塔洛斯启动光环，仲裁者和约翰逊结成了联盟，他们用圣甲虫炸开了控制室的一扇门，闯入了控制室。仲裁者试图说服塔洛斯不要开启光环，但愚蠢且忠于先知的塔洛斯对精英们恨之入骨。他按下米兰达的手，强行启动光环。仲裁者等人立刻向幽灵兽发起了攻击。在消灭了其他鬼兽之后，仲裁者开始与Ta talos对抗。因为只有约翰逊带来的离子束步枪能让塔塔罗斯的护盾短时间失效，所以仲裁者和其他精英花了很长时间才杀死了塔塔罗斯。
同时，米兰达逼迫343邪恶火花透露，简单拿走索引器就可以停止光环启动过程，但是你必须杀死Ta talos Miranda才能拿到索引器。Ta talos被仲裁者杀死后，米兰达拿走了索引器，05光环的启动被终止。然而，这种异常的操作触发了其他机制，使得银河系中的其他五个光环进入待机状态，可以在方舟中远程启动，只有地球有了通往方舟的传送门。
为了提醒人类并定位方舟，米兰达和约翰逊立即赶回地球，仲裁者带领舰队在343邪恶火花的帮助下清除了被释放的洪水恶魔的威胁，随后前往地球。
登上无畏号后，军士长立刻遇到了大量的星际联盟士兵。他试图暗杀真理先知但失败了，但他仍然杀死了许多敌人，并通过一个幽灵逃离了无畏号。在无畏号的表面，他被命令尽快返回地球。