E99火警时间

游戏开始，主角落在卡尔托加-12岛上。这个时候小岛处于正常的时间线，因为奇点在1950爆炸(游戏背景介绍)，D博士(将军)死于一场大火，B博士在没有D博士的帮助下发明TMD失败，奇点出现，于是苏联放弃了E99的研发，封岛。所以这个时候岛上没有怪物和MIA12士兵，也没有奇点反应炉高耸的横梁。这时主角进入了K12研究所的废墟(这里有个细节要注意，斯大林头像后面的沙盘背面只是一堵墙)，然后奇点爆炸了。主角穿越时空来到新爆炸的1950研究所，在大火中救出了D博士。让整个时间线在1950处艰难转折，于是当主角再次回到2010时，整个岛都发生了变化，D博士并没有死于大火，所以E99元素的研究并没有停止(还记得沙盘背面的墙，现在已经变成了一扇门，说明在1950的大火之后，研究所并没有被废弃，而是继续。这时D博士看到了TMD的价值，想把发明据为己有，但是B博士不肯交出TMD。结果D博士发动政变，占领了小岛，杀死了b博士，没TMD的D博士转而研究其他，自己研发了E99炸弹，把奇点改造成反应炉，试图用E99改造人体制造超级士兵。于是，各种怪物出现了。