第二银河军团的旗舰
部署旗舰
旗舰和常规舰船一样，需要实际部署在停机坪上才能飞出，但由于旗舰无法进入空间站，玩家需要在部署旗舰之前，将旗舰船坞部署在主权星系中作为旗舰的母港。
目前游戏中的旗舰码头分为五级，每级1会增加1个旗舰泊位，换句话说，每个主权星系最多可以停放五艘旗舰。当军团有一个可以使用的旗舰坞时，可以访问旗舰管理功能，其界面与个人围裙非常相似:
同时，旗舰坞中部署旗舰的方法也与个人停机坪非常相似:当你点击自由泊位时，你会自动访问军团的旗舰仓库，然后你可以从中选择一艘旗舰，开始旗舰部署流程:
不过这里需要注意的是，旗舰的部署并不是瞬间完成的。一旦展开，旗舰将占用相应的泊位，旗舰的展开过程不能暂停或中止。
旗舰组件
旗舰是游戏中非常特殊的一种船，它的武器和装置都是和船体固定在一起的，不能改变。所以实际玩家只能组装旗舰组件，组装方法和常规船一样:
然后，虽然旗舰也有能量的概念，但其实所有的旗舰都不会自然回收能量，所以需要在离港前加满能量块，否则船上的武器和装置就无法启动:
最后，旗舰的武器不需要装满弹药，而且由于旗舰在跳跃和跳跃时不需要消耗能量，所以即使旗舰在战斗中耗尽了能量块，也不会影响其离开战场。
旗舰注册
旗舰作为军团的公共资产，需要玩家满足两个条件才能驾驶:一是必须获得军团授予的旗舰驾驶员职位，否则无法注册旗舰。
然后，玩家还必须获得驾驶旗舰所需的驾驶资格。获得旗舰驾驶资格的途径是完成相应国家的驾驶资格审查任务，这可以在故事任务的其他分类中找到:
完成以上准备后，进入旗舰管理功能，然后找到军团为自己准备的旗舰进行旗舰注册操作:
注册完成后，旗舰驱动会绑定到自己注册的旗舰上。旗舰只能同时注册1个驱动，而且这个注册关系只能由驱动自己和旗舰管理员来注销。
旗舰登机
要将旗舰驶出港口，旗舰领航员必须先驶到旗舰码头的位置。找到你的注册旗舰的最快方法是点击旗舰注册面板右侧的“立即开始”按钮，然后选择任何要攻击的船只。
当您到达旗舰坞站时，选择概览第二页上的旗舰坞站，然后单击屏幕右侧的互动按钮登上您注册的旗舰:
登船过程完成后，玩家驾驶的船将成为旗舰，之前驾驶的船在归还旗舰后将归还给玩家。
归还旗舰
返回旗舰的基本逻辑和旗舰登船一样:到达旗舰码头→与旗舰码头互动→换操舵船。但是在实际游戏中，返回逻辑有一些特殊的变化应该是很简单的:
旗舰机师可以在所属团的任何旗舰码头归还旗舰，但这种行为会导致旗舰在母港重新部署，一段时间内不能再次攻击；
如果旗舰的母港已经被摧毁或收复，旗舰飞行员可以在所属团的其他旗舰码头归还旗舰，归还时旗舰会被收复到团仓库；
如果旗舰飞行员在太空中离线驾驶旗舰超过48小时，旗舰会被系统收回军团仓库，之后飞行员再次上线时会自动切换回常规舰；
如果军团的所有旗舰船坞都被摧毁，玩家可以立即通过离线操作将旗舰带回军团仓库，然后在再次上线时自动切换回常规船:
银河跳跃
旗舰是无法通过星门的，所以旗舰在游戏中星际旅行的方法是利用自己的跳跃引擎进行单星系跳跃，其功能入口位于屏幕右下角:
跳跃星图与普通星图最大的区别在于，玩家会在星图上看到一个圆圈，这个圆圈就是旗舰的跳跃范围:旗舰可以跳跃到这个圆圈覆盖的任意一个星系，但是如果星系中没有跳跃通道，它只能到达恒星系中的任意一个位置:
换句话说，旗舰有两种进入恒星系的方式:精确和不精确，但精确跳跃只有在目标星系存在跳跃通道的情况下才能启用。使用不精确银河跳跃时，旗舰进入的场景会在总览第三页对所有银河玩家公开。
旗舰galaxy jump虽然功能强大，但是不能连续使用。每当旗舰通过星系跳跃到达一个新的星系时，它就会暂时失去移动、跳跃和跳跃的能力，而旗舰跳跃得越远，它的导航系统恢复的时间就越长。
最后，galaxy jump并不是旗舰的专利。在两个跳跃通道的帮助下，常规舰队也可以使用星系跳跃，跳跃的操作方法与旗舰基本相似。