魔法少女战争的游戏操作。
在游戏的战斗场景中，左上方是角色的PH槽和集气号。随着玩家等级的上升，最大集气次数也会上升。集气满后(按零键触发，然后快速打，每打一次会消耗一滴力量，全力连续打会触发动画)，再攻击BOSS，造成更多伤害。
右上角是玩家角色切换显示区，每个角色都可以使用击杀技能。人物头像左侧有两个金色小圆圈。如果开着，说明可以按L键触发大招。正常攻击(口键)三次后，会有1秒左右的空档。这时玩家什么都不会，很容易被怪物打中。如果BOSS攻击你(看到主角的小兵，小兵在大招前会给一个感叹号)，你可以按X键躲避，另外，你也可以按X键跳到空中攻击怪物。
被BOSS或者黑道打中，玩家除了扣除HP之外还会放出黑精，被BOSS吸收。用R键切换武器后，还可以按△键发动远程攻击(使用次数有限)。另外，还有一个极其有用的组合键攻击，就是↓键+嘴键，尤其是玩家持剑时，效果显著，长按嘴键也能发动强大的攻击。
和大多数游戏类似，这款游戏也自带属性制衡系统，三个属性相互牵制，一个“无”属性。在战斗开始的任务详情页，可以知道BOSS的属性(杜月笙和BOSS基本相同)和等级。此时可以选择同调参战的魔法少女(选择武器不如魔法少女，玩家只能看到实战中的武器变化)。每个魔法少女都有自己独特的属性，选择主导属性。无属性不受任何属性约束，但攻击力略低，甚至没有带属性的武器攻击大。
有四种类型的任务。第一个任务是战斗，第二个任务是招募。完成这个任务就可以收集各个地区的魔法少女，而触发这个任务的条件就是不断刷副本任务。每次战斗成功后，你会填充爱槽，填满后可以触发招募任务，通常会有剧情。第三种任务是紧急任务，一般出现在玩家任务失败后，为了营救一个被困的魔法少女。第四个任务是复制任务。只有不断战斗，获得经验，玩家的净化等级才能上升。随着净化水平的提高，一些新的副本会不断冒出来。虽然出现了一些副本，但是如果玩家净化等级不够，还是进不去。根据屏幕下方的提示，按任务栏中目前无法进入的△键，查看最低进入条件。扩大副本面积的一个很重要的原因是每个地方的土特产都不一样，消灭怪物就有可能得到土特产。土特产有三个作用，“属性加成，让女生成为武器，从战利品开始”。
主角净化等级上升后，还可以解开同战人数上限和战斗中携带物品的限制，携带更多的角色，对战局有相当大的影响。至于战斗中携带的物品，他可以根据任务中BOSS的属性携带相应属性抗性加成的物品。在这部作品中，HP是角色所能承受的最大伤害，MP是指远程属性攻击的次数。
每一场战斗都会消耗玩的角色的体力，打完了就要休息，不能玩了。每次战斗结束后，你可以给每个魔法少女一份礼物。在这里，玩家需要根据每个魔法少女的喜好和出生地，给出自己喜欢的物品，帮助快速提升等级。魔女的等级上去了，攻击力和各种属性也会上升，对后续的战斗也有很大的帮助。挑选适合女生的物品，哪怕是C级物品，效果也会更大。
奖杯，游戏一结束教程就可以从第一个奖杯开始，剩下的两个奖杯只需要连续完成复制任务，就可以提升主角的净化等级，填充爱情槽，触发魔法少女任务，解放相应区域。