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已知基因M、N和E及它们的等位基因独立遗传，遵循基因的自由组合定律．分析图形已知甲在基因M控制合成的酶1的催化下生成乙（白色），乙在基因N控制合成的酶2的催化下生成丙（红色），丙在基因E控制合成的酶3的催化下生成丁（紫色），所以红色的基因型是M-N-ee，紫色的基因型是M-N-E-，其余基因型都是白色．现有一红色籽粒（M-N-ee）玉米植株自交，后代籽粒的性状分离比为紫色：红色：白色=0：3：1，则说明红色有一对基因是杂合子自交类型，还有一对基因是显性纯合子，所以该红色籽粒植株的基因型是MmNNee或者MMNnee．

故选：B．