法医秦是要害的凶手吗？罗键为什么要杀秦明的父亲？
秦明回到自己的老房子，推开门。里面的蜘蛛网和灰尘表明它已经很久没有人居住了。当他走进房子时，记忆涌上心头。那时候，秦明生日，家里来了很多人，他妈妈准备了一桌子的饭。秦明的嘴角挂着微笑。但回到现实，那栋破旧的房子已经荒废了。
秦明看到了两个纸箱子，里面装满了父母以前的照片。另一个盒子里有几盘录像带。秦明回到家，准备看在老宅里找到的视频。在视频中，秦明发现了父亲被杀的真相。
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秦明发现杀害父亲的凶手是罗键，却没能将罗键绳之以法，因为当晚发生了一起命案，死者正是罗键，在家中被刺死。虽然死者失血过多，但大宝在死者身上找不到明显的伤口。现场显示，死者与凶手发生了激烈的打斗，但林涛找不到除死者外第二个人的手印和脚印。
据死者的邻居说，她看到一名穿着黑色风衣的男子在夜里的大雨中匆匆而过。根据她的辨认，那个男人竟然是秦明。林涛告诉大宝，秦明已经出现在命案现场，但大宝再打秦明电话却还是打不通。
林涛发现，罗键不仅是秦明的导师，还是秦明父亲的同学。虽然大部分证据都对秦明不利，但大宝和林涛都不相信秦明会是凶手。
大宝解剖尸体，只发现死者胸部有一个很小的刺伤，但死者心脏被刺穿。大宝初步怀疑是大出血引起的。从作案手法来看，凶手对人体构造相当熟悉。当大宝说凶手可能是医学生时，大宝和林涛的心一沉。
又给秦明打电话，还是打不通。她只能单独针对死者的伤口寻找作案工具，而大宝经过反复测试对比，发现凶器可能是手术刀。
林涛向主任和同事介绍了案情，说秦明是嫌疑最大的人。导演怀疑这是一起复仇仇杀案，但大宝认为凶手可能是故意把矛头指向秦明。局长坚称秦明是头号嫌疑人。他提醒大家不要受情绪和理性判断的影响，并以大宝和秦明是同事为由，要求大宝回避。
导演走后，大宝决心查明真相，为秦明洗脱罪名。秦明在家中被打昏。当他醒来的时候，警察来了，还没等他明白是怎么回事就把他带走了。警方在秦明家中发现了一把手术刀和一串磨牙。
秦明被导演质问时说，他是从后面被打昏的，才看到罗键。导演一遍又一遍地问秦明，是不是因为被罗键杀了才杀了父亲。秦明否认。主任给秦明看了磨牙的照片，秦明说磨牙不是自己的。
秦明说，这一切都是蓄谋已久的阴谋。他先是诱导自己去调查父亲的死因，然后又把罗键的死归罪于自己。所有的行动都是针对他自己的。局长问秦明，当他发现罗键是杀害他父亲的凶手时，为什么不向局里汇报，擅自行动。秦明没有回答，导演说就算秦明真的被陷害，他也有责任。
大宝再次请求主任让他查罗重点的案子，但主任没同意。大宝透过审讯室的玻璃看到秦明在发呆，为自己的无助而无奈...林涛去了大宝家，给她带来了罗钥匙的案件资料。大宝在现场的照片中发现，死者家中有止痛药，患有肝病的罗键不能吃这种药。
林涛发现罗键有个侄子，罗京，是罗键财产的唯一继承人，对他叔叔的财产垂涎已久。他还威胁要杀死他的叔叔。林涛和大宝找到了罗静，但大宝很快发现罗静不是凶手。
晚上，大宝又去了命案现场，在房间窗帘旁边的一种绿色植物的叶子上发现了少量血迹。大宝和林涛把血液送去化验。在等待结果的过程中，大宝觉得时间很漫长，也很艰难。但验血结果与秦明的DNA完全一致。得到这个结果后，林涛和大宝不敢相信却又不得不相信。
有了验血结果，局长下令逮捕秦明，林涛接受了逮捕秦明的任务。大雨中，秦明被林涛带上了警车。
秦明被导演审问。当秦明得知犯罪现场有自己的血迹时，他大吃一惊，不禁赞叹凶手真是聪明。园长随后拿出秦明小时候在福利院的档案，画了他小时候父母的画像，分析了他的心理问题，判断秦明杀人报仇不是没有可能。
导演劝秦明认罪，秦明却说凶手已经种下了怀疑的种子。现在种子已经发芽了，他无话可说。他唯一能说的是，既然凶手的游戏已经开始，就绝不会停止。
秦明走出审讯室，看见大宝和林涛在外面。以前的同事朋友现在处于对立的局面，谁也不知道该说什么。林涛答应他会查明真相。大宝在看守所里让秦明不要着凉。
大宝在家里翻看着案件资料，却找不到任何新的线索。大宝和秦明在看守所里不约而同地回忆起他们两人从第一次见面就一起合作破案的情景。
大宝和林涛再次回到凶案现场，试图找出凶手的破绽。大宝再次仔细勘察了房间的每一个角落，发现一个移动的架子上的玻璃工艺品完好无损。大宝猜测现场没有打架。凌乱的现场是凶手精心布置的，凶手大费周章陷害秦明是凶手。
百度百科-法医学秦明