佛祖磕头时天打雷怎么会发生？

那是巧合，不是征兆。佛教强调的是积德加持，最终达到从生死中解脱，也不会那么迷茫(因为对于佛教徒和菩萨来说，这些都是小儿科，就像我们长大后不玩小孩子的游戏一样)。讲究这些的是迷信和民俗，和信仰不一样。