第一部分游戏王，剧情介绍
决斗城:海马濑人在一次偶然的机会中听说了三幻卡，他也得到了其中的一张，“方尖碑的魔法战士”，于是决定举行决斗城，宣布最后谁赢了谁就是“决斗王”，并且在规则中加入了过去没有的东西，即胜者可以从对方那里得到雷亚卡。此时，“奥西里斯的天空之龙”和“太阳神的翼龙”的主人马利克带领他创立的“猎卡者”团体中的猎卡者参加比赛。因为童年接受了守墓氏族的仪式，所以因为弑父而性格阴暗。在游戏的过程中，黑暗人格逐渐控制了他的意识，这也让游戏的结果更加扑朔迷离。武藤游戏也参加了这次比赛。历经艰难险阻，终于拿到了三幻卡，成为了“决斗王”。他也意识到他不知道自己是谁，因为他的记忆被他的灵魂封存在三千年前，他开始努力寻找他失去的最重要的记忆。
Naiya:这是在城市决斗的过程中，八名初赛获胜者即将进入决赛的时候发生的。作为海马濑人的养父，奈亚的亲生儿子海马健三郎对海马逼死自己的父亲恨之入骨，于是将海马等人引入一个虚幻的世界进行决斗，想要报仇。那个世界有很多危机，因为海马集团的五大巨头都是为奈亚效力的，所以他们到处埋伏，想拿走他们的灵魂，因为他们的灵魂被封印在幻象中。海马为了救弟弟海马圭平，放弃了打败奈亚的机会。最后，武藤游戏接替海马，击败了奈亚，让大家脱离了危险。
托马斯:亚特兰蒂斯之王达姿，一万年前因深陷黑暗而导致亚特兰蒂斯毁灭，他来到这个世界，企图利用一万年前奥利哈刚结界组成的卡牌夺取人的灵魂，唤醒奥利哈刚之神，进而实现他的终极目标——夺取整个世界，投入黑暗的深渊。他先是派自己集团的人去偷黑暗游戏的忠实仆人三幻神的卡牌，夺取了他们的权力，还偷走了世界龙头企业海马集团的所有卡牌资料，让世界陷入危机。一方面，武藤游戏拿到了七彩爸爸core和女儿Chris赠送的奥利哈刚三骑士化身的卡片。为了拯救世界，“未知法老”武藤比赛，海马濑人和城之内克也肩负起击败七彩的重任。黑暗游戏最终打败了达姿，将世界从黑暗中拯救出来。
KC:海马集团卡片信息被多马盗用后，声誉再次陷入低谷。为了挽救公司的声誉，实现海马濑人和弟弟海马圭平儿时的梦想，海马集团在美国海马乐园举办了“KC”杯决斗比赛。武藤游戏等人为了挽回海马集团的声誉，被迫参加了这次比赛，而黑暗游戏则以“决斗之王”的身份参加了最后的冠军赛。而此时，一个巨大的阴谋就在眼前，那就是海马集团的竞争对手雷达修理公司，试图通过销毁这个竞争对手和海马集团的所有信息来扳倒海马集团。随着冠军的临近，剧情逐渐浮出水面，于是海马打败了雷达公司董事长纪可。就在他以为一切都解决了的时候，他没想到纪可的最后一张王牌——他的哥哥闯入了最后的冠军赛，并在不知情的情况下启动了摧毁海马公司的病毒。黑暗游戏再次发力，拯救海马集团。
埃及人:武藤游戏受性格阴暗的貘良了邀请，参加“极端黑暗游戏”。他希望在这个过程中找回自己失去的记忆，但一切都没那么简单。拥有黑暗人格的貘良了的目的是通过这个游戏唤醒自己被法老封印的灵魂，清除法老的障碍，进而达到夺取世界的目的。武藤游戏在其中找到了自己的目的，开始意识到自己作为王者的责任和使命。他是万民敬仰崇拜的国王，黑暗游戏被神官们竭尽全力牺牲生命保护自己的行为深深打动。他决定再次封印黑暗邪神。武藤游戏祭出了三个幻术，用伙伴们费尽心思找到的真名作为钥匙，召唤出了光明之神——荷鲁斯(原著中，但荷鲁斯是古埃及光明之神的收获)，再次封印了黑暗邪神。
决战:为了继续前进，黑暗游戏不得不和搭档武藤游戏进行最后的决斗。但他一直在赢，只是这次输了。但他不后悔，因为这样他的灵魂才能安息。终于，在光明中，他缓缓踏入了冥界的大门。他的朋友们开始了新的生活。