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1.有一天，一个名叫戴斯蒙德·迈尔斯的酒保被一个名叫埃舍尔戈的国际制药集团绑架了。另一名研究员告诉迈尔斯，他实际上是古代刺客大师的直系后裔，需要分析他的DNA来提取祖先的记忆，因为他的祖先牛郎星知道伊甸园碎片的下落。通过这种方式，洗者可以找到这件艺术品的线索。虽然迈尔斯对自己被绑架非常愤怒，但他还是被研究人员强行塞进了虚拟机Animus，回到了12世纪的中东。12世纪，圣殿骑士和刺客联盟的斗争还在继续。迈尔斯作为刺客大师的后代，找到了祖先牛郎星的记忆。牛郎星属于阿萨辛，一个刺客组织，他的主人穆阿利姆一直在寻找伊甸园的碎片。这个神器的力量就是给人错觉，从而控制人的思想。
为了阻止第三次十字军东征，维护和平，牛郎星以大师的名义接连杀死了9名圣堂武士。当牛郎星成功杀死九个目标后，他才渐渐意识到自己被骗了:原来有十个人找到了当年伊甸园的一个片段，而这十个人就是九个被杀死的骑士和他们的主人穆阿利姆。他利用牛郎星刺杀9名骑士，只为一人吞下伊甸园的碎片，然后通过这个神器控制人们的思想，实现自己的独裁之梦。得知这一切，牛郎星非常震惊。他赶回刺客总部质问师傅，但达到目的的师傅早已不顾牛郎星生死，于是师傅和徒弟打了起来。最后，牛郎星成功杀死穆阿利姆，得到一些伊甸园的碎片并掩埋，成为刺客联盟的新领袖。回到现代的迈尔斯，我也了解到了艾斯尔戈的计划:他们想通过迈尔斯的DNA知道伊甸园碎片的下落，找到并使用神器控制人类的思想，目的和当年的穆阿利姆一样。艾施尔戈现在有一些伊甸园的碎片，迈尔斯被绑架只是为了通过他找到牵牛星埋葬的碎片。这时，asur go的研究员露西也向迈尔斯表明了自己的身份。原来，她是一名潜伏在埃西尔戈的间谍，真实身份也是刺客联盟的成员，只是为了帮助迈尔斯逃离这里。经过阿尼姆斯的实验，迈尔斯以一种非常奇怪的方式获得了祖先“鹰眼”的神奇能力，通过它他在实验室休息室里发现了这个秘密。原来，在他来到这里之前，已经有16名刺客后代被陆续绑架到这里，实验结束后被杀。休息室的墙上贴满了他们的遗言。当这一切结束时，迈尔斯试图在露西的帮助下逃离实验室。
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成功逃离实验室后，迈尔斯和露西来到一个藏身之处，那里有一台Animus2.0虚拟机。露西让迈尔斯进入其中，回到了古代，并通过祖先的记忆继续获得了伊甸园碎片的线索，通过探索未知的记忆获得了祖先的刺客技能(迈尔斯在前作中已经获得了牛郎星的鹰眼)。这次戴斯蒙德·迈尔斯回到了意大利文艺复兴时期，得到了牛郎星(继牛郎星之后的另一个祖先)的直系后裔埃齐奥的记忆。文艺复兴时期，埃齐奥住在义大利。他的父亲乔瓦尼·奥迪托雷表面上是个银行家，但实际上是个刺客。埃齐奥不愁吃穿，过着贵族般的生活。突然有一天，乔凡尼被出卖了，不仅刺客的身份被揭露，整个家族也深受其害。幸存下来的埃齐奥根据父亲生前的提示得知了家族的秘密:他们家族是一个秘密的刺客组织，在每一代刺客中，有四男两女，六个刺客高手，一个真祖(牛郎星转世，埃齐奥是这一代的真祖)。在伙伴们的帮助下，迅速成熟的埃齐奥学会了高超的刺客技能，并继承了家族的遗产。埃齐奥后来得知，一件名为“伊甸园碎片”的神器散落在各处。把这些碎片放在一起就是一个“金苹果”，通过它可以控制人类的思想。
刺客信条壁纸(19)在接连杀死许多敌人后，埃齐奥来到了圣殿骑士亚历山大六世。他明白了金苹果需要一根权杖来发挥它真正的力量。埃齐奥跟随力量找到了一个外星女人的形象，并了解了人类的起源，但在问这个形象已经消失之前，还有更多问题。当迈尔斯回到现代后，他得知秘密的藏身之处已经被艾斯格发现，于是大家又开始逃亡。在逃亡途中，迈尔斯通过“鹰眼”和埃齐奥的刺杀技巧成功脱险。
3.兄弟关系
公元1503年，亚历山大六世仍然统治着罗马。虽然局势混乱，但独裁者的霸权仍然存在。已经成为刺客大师的埃齐奥将为自己的信仰而战，发誓要带领刺客联盟推翻独裁政权。
紧接着《刺客信条2》之后，酒保戴斯蒙德·迈尔斯和其他三名现代刺客露西·斯提尔曼和肖恩·黑斯廷斯逃离了圣殿骑士团的追捕，来到了意大利城市蒙特利。以奥迪托雷庄园废弃的地下室为新的藏身之处，德斯蒙德再次利用基因记忆追踪机器“阿尼姆斯2.0”重新进入了他的刺客祖先埃齐奥·奥迪托雷·达费伦泽的记忆。
文艺复兴时期1499 12年，40岁的埃齐奥在放弃对教皇亚历山大六世·罗德里戈·波吉亚(圣殿骑士团团长)的暗杀后回到蒙特利。1500 65438+10月，教皇之子西泽尔·波吉亚在一天夜里率军攻打该城。当这座城市被攻破时，西泽尔夺回了由埃齐奥的叔叔马里奥·奥迪托雷保存的古代遗物“伊甸园碎片”，射杀了它，并命令士兵射杀埃齐奥。埃齐奥受伤后带领雇佣兵及其家属逃到意大利罗马，发现波吉亚家族几乎已经完全控制了整个罗马城，城市萧条，市民被剥削，生活贫困。埃齐奥以城市中台伯河畔的小岛伊索拉·提贝里纳为基地，联合了城市中的妓女、小偷和雇佣兵，并招募反叛的市民加入其刺客兄弟会，以解放教皇控制下的罗马。在各方的帮助下，埃齐奥得知西泽尔的财务由他的哥哥胡安·波吉亚负责，而西泽尔则想借助法兰西路易十二、瓦卢瓦公爵的军事力量和发明家达芬奇的战争机器征服意大利。
在瓦解了西泽尔的财力和军队，摧毁了达芬奇制造的战争机器后，埃齐奥于1503潜入了梵圣天使城堡。当他想与教皇对抗时，得知“伊甸园的碎片”已落入教皇手中，教皇因不满儿子无止境的野心(包括进攻蒙特雷)而毒死了西泽尔。西泽尔得知后，用毒苹果杀死了教皇，并前往圣彼得大教堂取回碎片，但埃齐奥先拿到了。65438+同年2月，教皇朱利叶斯二世登基，下令逮捕西泽尔。1507年3月，埃齐奥前往西班牙的维安纳，在围攻战中与西泽尔进行了最后的决斗。打败西泽尔后，埃齐奥把它从城墙上扔了出去，最后把碎片藏在了罗马斗兽场的一个密室里。
德斯蒙德等4人在查出密室密码后前往正在建设中的斗兽场，通过地下通道进入天坛圣母院大教堂。在启动了教堂的内脏后，德斯蒙德四人成功进入了位于教堂地下的朱诺·坦普尔(伊甸园碎片的所在地)，但当德斯蒙德拿起伊甸园碎片时，被称为朱诺(属于古代“第一文明”种族)的立体形象控制了自己的身体，刺伤了露西的腹部，游戏的主要情节结束。
4.启示
人类历史已经进入16世纪，主人公埃齐奥·奥迪托雷已经年过半百，但他的探索还没有结束。
1511年初，尽管寒冬腊月，埃齐奥还是来到了曾经是刺客总部的中东小城马萨夫，寻找祖先牛郎星伊本-拉哈德留给后人的信息。当他正要踏进刺客城堡的大门时，被一群拿着武器的士兵包围了。他们是破败的拜占庭帝国残存下来的圣殿骑士，现在他们越来越强大。埃齐奥被抓住了，但他很快就伺机逃跑。在试图离开城堡时，他通过一个被圣殿骑士绑架的人了解到了圣殿骑士的阴谋——他们在寻找五把开启刺客城堡密室的Masyaf钥匙。
根据这个人的线索，埃齐奥杀死了逃亡的骑士队长，并从他那里找到了一本有线索的日记。于是，1511年5月，埃齐奥乘船到达了欧亚交汇处——奥斯曼帝国控制下的君士坦丁堡(土耳其人称伊斯坦布尔)，他找到了前拜占庭皇帝的后裔“君士坦丁·Xi”。
在刺客大师优素福·塔齐姆和博学的女孩索菲亚·萨托的帮助下，埃齐奥逐渐在这座城市安顿下来，并与圣殿骑士赛跑，寻找马萨夫·凯斯。埃齐奥还答应因权力斗争而失去父亲的奥斯曼帝国王子苏莱曼(后来的苏莱曼一世)帮助他调查圣殿骑士的指挥官是谁，以及他的大本营在哪里。
谁是这一切的幕后黑手？是卫队首领、苏莱曼父亲的朋友塔里克·巴特里，还是行踪诡秘的神秘富豪曼努埃尔·帕洛洛格斯，甚至是王子、苏莱曼的敌人、他的叔叔艾哈迈德？所有的答案都在浮现的线索中解开了...