母体不明白
继续说剧情——一开始设计师的脑袋好像只有一根筋。他设计的矩阵中的一切都是可计算的，也就是在数学上是完美的，人类也必须在这个完美的数学模型中运行，但显然人类不是这样的。奇思妙想太多，所以第一代黑客帝国崩溃了。他没有放弃，以为是因为人类不适应新环境，所以以人类历史为背景重写了《黑客帝国》，但是这一代《黑客帝国》又失败了。高层管理程序(或设计者)不得不编出另一个研究人类心理的超级程序——它是先知。在她的提示下，设计师的脑子开始有点转了。他让matirx里的人有了选择，让矩阵更贴近现实世界，但这个矩阵还有两个问题:第一，总有1%的人不那么诚实，他们总认为矩阵不真实。如果他们窒息而死，矩阵仍然会崩溃；第一，由于Matrix系统的不断完善，一些老程序会时不时的被删除，但总有一些程序不想被删除，于是躲在Matrix里(法国人是这些程序中最好的)，成为非法程序。如果这样的程序不能删除，矩阵也有崩溃的危险。为了解决这两个问题，设计师想了一个一举两得的办法:一方面，他让这1%不诚实的人觉醒，摆脱母体，让他们在现实世界的地下建造一座名为锡安的城市，成为母体的黑客，进行抵抗运动。其实这是完全在设计者的控制之下的，只是一种迂回的控制，因为如果把这些人强行压制在母体里，就会适得其反。另一方面，设计者收集他所能找到的所有非法程序的原始代码(应该是原始代码，因为如果设计者直接知道非法程序的代码，直接删除就可以了)编写一个名为“救世主”的程序(代码)，这个程序显然可以发展成非法程序的最终形式，这个程序被植入了《黑客帝国》中一个人类的精神(电影中并没有提到最后如何选择这样一个人)。然后这个人就成了救世主。之所以称他为救世主，是因为它的一个作用就是它是锡安那些觉醒人类的“救世主”，因为每次锡安的力量强大到开始威胁机器的时候，黑客都会遇到先知(这也是设计者的安排)。先知会告诉他们去找救世主，说救世主可以帮他们打败机器。找到救世主不久，正好是它超能力苏醒的时候。事实上，他身上那些非法程序的代码终于成熟了。就这样，在先知的指引下，黑客和救世主来到了矩阵代码的源头。当救世主遇到设计者，得知真相后，救世主不得不带着非法程序代码，按照设计者的指示回到代码的源头，这样就可以升级母体的代码库，并在此基础上重载母体，让重载的母体处理原来的非法程序(救世主的身份只是为了替他寻找返回的代码)当救世主遇到设计者时，机器人大军也在毁灭锡安。在救世主完成他“升级代码库”的任务后，还有一个任务是从母体中挑选23名男女来重建被摧毁的锡安。当然，也许几代之后，这23人的后代会在先知的指引下寻找新的救世主。可悲的是，救世主往往只能选择这条路，因为如果他不这么做，设计者就会毁灭全人类。对了，救世主是人还是程序？其实母体里的程序和人类的精神(灵魂)差别已经很小了。就像第三集的印第安人一样，都有人类的爱和亲情。他们的区别可能只是载体。程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂是可以结合的。救世主其实是以人脑为载体的人类精神和“救世主密码”的结合体。精神和代码不再相同。
以上是前几代救世主的命运。等到矩阵升级周期到第六代的时候，预言者程序可能已经被研究人员深入研究了，它变得人性化了，逐渐变成了一个好人(确切的说是一个善良善良的程序)。她开始接一些非法节目，有些是她养的，有些成了她的保镖。也开始怜悯觉醒的人类的反抗和一次次被毁灭的结局。于是，先知开始有了打算，她想通过一个方法，结束矩阵在这一代的升级。她的计划包括两个方面:一方面，她想让这一代的救世主在遇到设计者的时候不要选择输入代码的来源。她的方法是让设计师稍微修改救世主的代码，让他爱上一个黑客(当然这个意图不能让设计师知道。先知可能跟设计师说过，她只是想做一个小实验，比如观察救世主加入爱情后的反应。第二集的时候，设计师自己也说“观察你的反应很有意思。”所以我觉得neo对trinity的爱是预言家和设计师安排的，很可悲但也在情理之中。)于是救世主为了救自己的心上人，放弃了进入源代码。在第二集的结尾，先知的计划成功了，但是仅仅这一步是不够的，因为如果救世主不进入代码的源头，那么设计者就会毁灭全人类，锡安也会被毁灭。所以另一方面，先知必须为救世主准备一个筹码，与机器皇帝(设计者)讲和，这个筹码就是史密斯。先知说，史密斯是救世主计划的反面。我觉得这样的节目是不可能自己形成的。斯密应该被先知改写。按照设计者的说法，prophet的程序要定期检查，否则会危及系统，这说明Prophet在Matrix中的能力(或者权威)是相当大的，她很可能在某些方面改写了smith的程序(连法国和印度的女孩都能写程序，何况是奇迹般的Prophet？)，而且是用救世主程序的逆向改写的，所以当史密斯是合法程序的时候，他强烈的表现出了非法程序的“气质”(在对墨菲斯的审问中，他离开母体的欲望比尼奥更强烈)，当救世主上的非法程序代码醒来(力量醒来)的时候，史密斯上的非法代码也被激活。如果说救世主是设计者可以控制的非法程序的最终形态，那么史密斯就是设计者没有预料到的最可怕的非法程序。事实上，史密斯是先知计划中一个非常重要的棋子。预言家想把史密斯强大到设计师无能为力的地步。只有尼奥可以用体内与史密斯相反的代码中和它，尼奥可以以消灭史密斯为条件获得安宁。——以上是先知的一厢情愿。其中的一些过程可以通过她在矩阵中的精确计算和对人类心理的深刻理解来预测。还有人听天由命，就像设计者最后对先知说的:“你玩了一个很危险的游戏”。先知基本上是一场赌博。
整个《黑客帝国》系列似乎基本上就是预言家，人类拯救计划的实施过程。这一代黑客的代表，墨菲斯和三一，找到了这一代的救世主载体Neo。尼欧在经历了苦难之后终于成为了救世主(其实这是必然的)，他也爱上了三一(其实先知很久以前就告诉三一了，基本上是先知安排的——我们常说的“大自然捉弄人”其实是不是在我们的脑海里写进了程序？)。(第一集)
Simith被Neo杀死后成为非法程序，能力开始增长(复制能力)。然后neo等人从非法程序的精神领袖那里抢走了知道如何进入代码源头的程序。从这位精神领袖的话里，似乎每一代救世主都想找他的麻烦，似乎这也是设计者的安排。墨菲斯和其他人在得到尼奥后变得越来越勇敢。原来看到特工就像看到猫一样，现在不那么害怕了，还能跟他们玩几招。后来neo终于见到了设计师，三一“及时”脱险。尼欧得知救世主的真相后，为了拯救心上人或抛弃全人类，决定拯救三位一体，回归现实。得知真相的莫斐斯也受到重创，从此荣耀尽失。这时，neo突然拥有了在现实中摧毁电子章鱼的能力。当然，他用了一次就晕倒了。(第二集)
这个时候，拥有复制能力的史密斯，居然复制到了一个锡安人类，摧毁了所有的人类飞船。这些船上有人类最厉害的武器(按下机器人就死的那个东西，我忘了叫什么了)。此时，只有两个航天器与近地天体及其行动合作。一艘飞船返回锡安支援人类军队，人类军队只有非常简陋的机器人和电子章鱼，已经绝望了。另一艘飞船带着尼奥和崔妮蒂去机器城见机器-机器皇帝的老板。途中，尼奥遭到了史密斯复制人的攻击，眼睛被刺伤，但他在现实中感知和破坏代码的能力被彻底唤醒。其实这是因为在第二集的结尾，neo接触了《黑客帝国》的最高管理程序——设计师，成长起来了。他以前只能感知矩阵中的代码，现在因为学习可以感知现实中的代码，不得不接触矩阵。现在可以远程感知了(所以neo在现实中拥有超能力，并不是说锡安也是虚拟世界，而是neo的能力从外挂进化到了远程控制，他在现实中的超能力还仅限于代码)。他们杀了这个史密斯，最后闯入了机器城，但是三一死了。此时的《黑客帝国》中的史密斯确实已经将《黑客帝国》中的几乎所有人和程序复制到了自己身上，包括先知本人，正如先知所料(至于为什么史密斯在吸收了先知后不知道这是先知的计划，可能是因为即使吸收了先知的程序，它还有保护代码，史密斯也无法完全破解——只能这样理解，否则我的文章就白写了)。尼奥与机器皇帝达成协议，进入母体消灭史密斯，以换取人类与机器的和平，机器皇帝同意了。结果尼奥和史密斯在无数史密斯的关注下决战了。当然，尼奥打不过史密斯，但是当史密斯同化尼奥的时候，尼奥放出了自己的代码，和史密斯一起死了。这时所有被史密斯同化的人都恢复了原状，和尼欧战斗的史密斯成了先知(这个很好理解，因为吸收了先知的史密斯显然是所有史密斯中最强的，所以同化了先知的史密斯就是代表无数史密斯和尼欧的那个。从躺在地上的先知的笑脸来看，先知应该是被史密斯吸收后自觉了，她知道自己的计划终于实现了)。这时，攻击锡安的机器大军也撤退了。第二天，先知会见了设计者，设计者答应遵守诺言，不再迫害那些觉醒的人类。从此，人类可以在《黑客帝国》和《锡安》之间自由选择。母体中第一次升起了没有绿色的朝阳，地球变成了人类与机器、机器城与锡安、觉醒的人类与母体中的人类、合法程序与非法程序并存的和谐世界。革命成功了！(第三集)