说说孤岛危机2的故事。
NNN时代之后，猴子进化成了人类。直到20世纪初，一个叫哈格雷夫的人才发现了这个秘密(第2代的白发老人)。)，并发现章鱼留下的基地其实是在美国纽约的地下。于是他成立了Crynet公司，开始研究章鱼技术。50年后，因为长寿，他利用章鱼技术冷冻自己的身体，将意识与电脑连接起来，继续研究和控制公司的运作。终于在100年后，研制出章鱼和人类科技的“纳米服”。
纳米衣服是半生物半机械的。它可以大大提高设备的性能。而且从理论上讲，它的生物技术可以让纳米服真正融入人体，修复身体组织，让它不再是一件衣服，而是成为人体的一部分，成为“皮肤、内脏、骨骼”。从某种意义上说，是让人类进化。他认为，人类只有得到这样的进化，才能在章鱼可能回归的未来赢得前所未有的生存，而哈格雷夫本人也有私心，希望自己腐朽的身体能够通过穿上纳米衣服得到进化和修复，能够重新活过来。可惜因为章鱼基地封闭，人类科技无法开启，他得到的技术和样品都很少，不足以让纳米服完美。只有最基本的功能，高端的功能，虽然预留了接口，但是缺乏“硬件”而无法使用。
终于在2023年，太平洋灵山岛上突然出现了章鱼的通讯信号，一直没有被发现的章鱼通讯站被激活。哈格雷夫第一时间发现了这个情况。所以他认为机遇和危机同时到来。机会在于，他最终可以获得完整的信息来改进纳米服务。但与此同时，通讯站的恢复也说明章鱼即将回归。于是他用纳米服支援美军，并把自己的特工(普飞)混入军方探索灵山岛的任务中，目的是进入基地获取样本和信息。(接下来是1一代的故事。至于朝鲜是怎么拿到纳米服的，那就要看游戏公司怎么圆故事了。我敢打赌，他们做第一代的时候根本没有考虑到第二代的故事。)
虽然普发在进入灵山岛的章鱼通讯站后获得了一些样本，但他感染了章鱼时代的病毒孢子。其实这种孢子并不是章鱼的生物武器，就像哥伦布第一次给当地土著带来的不是贸易或战争，而是发现新大陆后的一种重症。人类生态从未接触过这种病毒，所以完全没有抵抗力，也没有时间产生抗体。
普飞通过章鱼通讯站和基地之间的链接通道直接从海底返回纽约。回归后，普发去质问哈格雷夫他所隐瞒的病毒(从现场猜测可能塞科和诺曼也感染了病毒，普发形容是“行尸走肉”。另一方面，哈格雷夫回应说，牺牲是必要的。普发怒气冲冲地跑了。并找到另一位科学家“古德”继续研究纳米服中的章鱼技术和病毒，以期找到对抗病毒和章鱼的方法。很快，纽约的地下基地也开始恢复，全球气候因能量异常而变得更糟。三年后，章鱼人从地球出现，同时带出一种病毒，大规模感染纽约人。可能章鱼觉得人类睡觉的时候占了家里的垃圾。于是战争爆发了。(上接二代故事)
因为感染到了极限，普发把纳米服交给了主角，为了断开与纳米服的意识链接而自杀。(其实纳米服的突然进化，已经把普飞的思想融入了自己的电脑，在进一步完善纳米服的过程中一点一点的被激活。)二代开始的时候，为了复兴自己，哈格瑞夫需要得到普飞已经进入章鱼基地的完美纳米服，不停的追逐主角，然后把主角骗进陷阱。在经历了最后的失败后，我意识到了。最后一部分改进纳米服的基因交给了主角。经过基因注射，主角变成了反章鱼的人形毒气弹。进入章鱼设施改变了孢子病毒的基因，使其对人类无害，但对章鱼却变得剧毒。并释放它。最终，留在地球上的章鱼人也是层出不穷。