岛屿的呐喊

杰克·卡弗退休后去了南太平洋从事租船业务。他受雇于瓦莱丽·康斯坦丁，秘密前往密克罗尼西亚一个不知名的岛屿。瓦莱丽开着自己的摩托艇离开后，杰克的船被一枚雇佣兵火箭炸成碎片。杰克试图逃跑，却在离家千里之外搁浅了。他的朋友在丛林中迷路了，现在他必须自己找到回家的路。雇佣军的指挥官理查德·克罗上校命令他的士兵去寻找杰克，因为他的尸体没有找到。在一个自称哈兰·道尔的神秘男子的帮助下，杰克开始寻找瓦莱丽，同时在群岛的某个地方与雇佣军作战，搜索滞留在日本的航空母舰，并摧毁雇佣军营地的卫星通信和弹药仓库。通过接触Trigens(一种转基因灵长类动物)和Doyle提供的信息，Jack很快发现岛上有一部分涉及转基因实验。随着游戏的进行，有明显的证据表明Trigens成为了一个需要处理的大问题，它开始突破安全线，杀死警卫和工人。此外，实验不限于非人类的灵长类动物，还涉及人类变异，以期创造出终极战士。杰克找到瓦莱丽时，她正被直升机送往另一个地区。杰克试图阻止直升机，瓦莱丽趁机逃跑。游到岸边后，她说自己是中央情报局的特工，正在调查克里格尔的生意。瓦莱丽随后建议，他们两人应该分开，以便更好地探索岛屿。经过进一步的探索，杰克必须再次搜救瓦莱丽。这很难，因为更多的Trigens逃脱了，他们中的一些人有强大的武器。Trigens已经开始抵抗岛上的雇佣军，造成混乱，Crighel不得不调用他的个人精英特种部队来控制局势。杰克找到瓦莱丽后不久，就杀死了雇佣军指挥官理查德·克罗。克洛伊的信息表明克里格尔在岛上有战术核武器。瓦莱丽进一步透露，多伊尔是中央情报局的特工，以实验室技术人员的身份潜入克里格尔的研究室。经过美国国防部的分析，杰克和瓦莱丽偷了克里格尔用来破坏转基因实验的战术核弹的罪行。杰克对使用核武器感到不安，但瓦莱丽向他保证:“这种战术核弹正好可以摧毁工厂和基地。在爆炸之前，我们将逆风离开山区。”在进入工厂前，多伊尔警告说，爆炸时诱发生物体变异的物质可能会污染他们，并建议他们在设置核弹前使用解毒剂。在工厂里，他指示他们从一个标有生物危害的红盒子里取出免疫血清并注射。他们做到了。瓦莱丽和杰克安装好核弹后离开了工厂。核弹爆炸，他们失去知觉。杰克和瓦莱丽昏迷的时候，克里格尔绑架了他们。杰克醒来，发现自己和克瑞格尔以及瓦莱丽在一架直升机上。杰克被一名精英警卫扔下了直升机。克里格尔讽刺道:“适者生存，祝你好运！”在地上，杰克发现了一把扔出的步枪，里面只有10发子弹。他需要第三次营救瓦莱丽。他需要像Trigens一样穿过安全线。当他到达一个佣兵军械库时，杰克发现他的手臂变成了绿色。道尔说解药应该能对付，但爆炸可能会让空气中充满变异物质，克里格尔博士研制的血清应该能对付。杰克决定直接去克里格尔接受治疗。由于雇佣军正在与特里根战斗，杰克从火山斜坡爬到总部几乎没有困难。克里格尔显然找到了阻止火山爆发的方法，并利用火山熔岩流发电。杰克向受伤后变异的克里格尔要解药。克里格尔说，如果没有时间准备血清，杰克一小时后就会变成标本，更不用说瓦莱丽了。然后道尔出现在附近，暗示还有血清残留。杰克决定在道尔找到解药之前不离开这座岛。他把虚弱的瓦莱丽带到码头，然后他回到工厂。在火山口，克里格尔的熔岩利用系统遭到破坏，火山即将爆发。杰克在火山爆发前逃脱，并使用防爆门保护自己免受伤害。他和瓦莱丽用一艘帆船离开了小岛，火山爆发摧毁了克里格尔仅存的实验室。杰克用他找到的解毒剂治疗瓦莱丽。在动画的最后，瓦莱丽看着厚厚的一文件夹文件，分别绑在两张标有“孤岛危机计划”(游戏法文版中的“突变计划”)的光盘上。在Xbox版《孤岛惊魂:本能》的剧情中，主角杰克拥有了动物化的能力。