社保应该从日本公司奖金里扣吗？

根据有关资料，在日本工作所得的工资是要纳税的。从工资中扣除的是社会保险费和税收(所得税、居民税)。

日本公司一般按月发工资，夏冬每年有两个季度的奖金。其特点是工资由基本工资、各种名义的补贴和奖金组成，非基本工资占很大比重。