不动游星的主要故事
主人公羽西福多(Yusei Fudo)驾驶一辆进化的d轮摩托车(D ホィール)，目标是从下层(下层)跑到上层(上层)。杰克·阿特拉斯，骑马和决斗的冠军，他想带走星尘龙(スターダストドラゴン饰)，这对他自己和他的朋友都很重要。最后，流浪星与杰克对峙。带着自己坚定的信念，他们的王牌怪兽星尘龙与真红魔龙(レッドデーモンズドラゴン)发生了激烈的冲突！神秘的红龙(赤龙)在二龙之战中突然出现，使得流浪星的手臂上浮现出龙的痣。他们各自的命运，由龙的鼹鼠指引，从这一刻开始。(不动游星的父母原本来自顶端地带。后来，第一瞬间出现了严重的问题，而不动游星的父母是在事故中丧生的研究人员，友星被送到了卫星区的一所孤儿院。)
龙印制造者和黑暗封印制造者之间的战斗开始了。虽然游星第一次输给了鬼柳京介(遇见联盟首领，遇见联盟成员为克罗·霍根游星杰克鬼柳)，但他很幸运的获得了朋友的力量，在战败前决斗中断后再次挑战鬼柳。然而，在与鬼柳战斗之前，流浪星一行遇到了黑暗印刷者的首领鲁德格尔。在路德维希的地方得知，在日落之前，如果四个土神(蜂鸟、巨蜥和猿)没有被封印，冥界之门被打开，冥界之神就会醒来，龙之签署者和黑暗签署者之间的5000年之战将在今年获胜，改变世界。游星和大家一起历经千辛万苦，终于打败了野心勃勃的敌人。没想到，日落之前，就晚了一步。大家都回城里去了，鬼醒了，正往城里来。治安官雷克斯·哥德温竟然是最大的黑手！游星和伙伴们，红龙和最强的地界神(秃鹫)，鬼神展开了决斗！拼个你死我活，你兴赢了！戈德温被流浪星的心所感动，用自己的生命换来了黑暗签署者的复活，世界重归和平。随着代达罗斯大桥的建成，卫星区也与市区连接起来了。
在与“黑暗打印机”开战半年后，连接卫星区和都会区的桥梁终于建成，两者之间的界限终于消失。这座城市还修建了大量专门为骑马和决斗设计的高速公路，还开发了《高速世界2》来取代之前的《高速世界》。世界大赛WRGP(世界骑马决斗大奖赛)在即，游星等人组成“5D之队”参赛。然而，一个新的威胁悄然而至——神秘组织“太乙”的三皇出现，利用能吸收同步怪物的“机器皇”摧毁通世野城，市区上空不时出现不祥的阴影。双方在大赛的最后一战相遇，这场战斗的胜负将决定同室野城的存亡。
虽然阿波利亚战败，但带来毁灭的阴影“弧光摇篮”依然出现，铜石耶城危在旦夕。而导致这一切的“Z-ONE”终于浮出了水面，它来自于未来破灭，他要毁灭灾难的招远同益业城，要改变未来。游星等人无法认同他，于是登上“弧形摇篮”，与“Z-ONE”展开了最后的决战。最终Z-ONE被友星打败，arc的摇篮消失了。友兴救了同室野，平安归来。
击败Z-ONE几年后，龙族海豹队员都走向了自己的未来，并最终在代达罗斯桥分离。