Seek:多样性详细介绍(第1-13集)。
第二集索纳监狱自从上次暴乱后就缺水，勒齐(罗伯特·韦斯顿饰演)的权威也受到了挑战。迈克尔从比利克那里得知，韦斯勒(克里斯·文斯)藏在下水道里。迈克尔冲过去告诉他，他被关在这里是为了把他弄出来。在监狱外，神秘女子苏珊与林肯再次见面，要求林肯在一周内想办法让魏斯勒出狱，并随时向她汇报越狱的过程。痴情男子苏克雷终于出现了。他遇到了比利克并用枪威胁他。他终于知道比利克根本没有抓到玛丽克鲁兹。另一方面，监狱里的其他几名美国人也发现了魏斯勒的存在。马宏从麦蒂那里得知了魏斯勒的下落，而比利克和西奥多把这个消息卖给了勒齐。结果三方在地下下水道剑拔弩张。迈克尔，马宏和勒齐的人，魏斯勒最后被马宏抓住了。监狱里终于爆发了骚乱，但迈克设法打通了监狱水路，挽救了魏斯勒和勒齐的权威。林肯根据纸条上的线索追踪到了魏斯勒的女朋友(马德里别墅银行，1989)，抢了一本鸟类指南。
在第三集中，林肯将莎拉和LJ的照片交给了迈克尔，迈克尔要求林肯告诉苏珊，他必须和莎拉通话，并计划让林肯去营救莎拉和LJ。为了和莎拉通话，迈克尔威胁西奥多“借用”勒齐的手机。勒齐并不知道迈克尔和西奥多偷了手机，但他最终发现手机被人动过手脚。莎拉在电话中暗示了迈克尔的立场。林肯急忙去找他们，但最后莎拉和LJ被绑匪带走了。长期“停药”的马宏开始越来越感到不安。他甚至要求律师为他拿药，但遭到拒绝。维斯勒，一个神秘人物，找到了马宏，向他询问迈克尔的情况。然后维兹勒告诉了迈克尔入狱前发生的事情。他曾经认识一个博物学家，从那以后，人们一直要求维兹勒带他们去那个博物学家去过的地方，甚至包括政府官员。林肯救莎拉和LJ失败后，绝望的迈克尔开始精心策划逃跑计划，他似乎发现了一些蛛丝马迹。马宏迫不及待地想要离开，他请求与迈可合作。被拒绝后，他威胁要杀死维兹勒。这段对话被比利克听到了。勒齐发现最近身边的人都有点不对劲。他怀疑有人试图夺取他在监狱中的统治地位。监狱里的二把手不喜欢谄媚的西奥多，处处对他表现出敌意，西奥多开始计划反击。Lincoln没能救下Sarah和LJ，他回到自己的公寓，见到了Sucre，自从他决定离开Maricruz后，Sucre一直和他一起要求要回这笔钱。然后他接到苏珊的电话，发现了一个带血的盒子...
第四集，林肯濒临崩溃。纸箱里除了莎拉的头什么都没有，苏珊就更有威胁了。如果有猫腻，那LJ的命就不保了。林肯被迫再次与迈克尔见面，但他不敢告诉迈克尔莎拉的事。另一方面，迈克尔一心想策划一个逃跑计划。他借用了麦格雷迪的十字架，让马宏去找一支黑色的钢笔，而林肯必须找到掘墓人寻求帮助。迈克尔用十字架成功制造了断电的假象，并借机要求换牢房，他也成功了。贝里奇无意中听到了迈可的计划，想借此机会加入进来，但是被拒绝了。他还想卖秘笈，结果偷鸡吃米的代价更大。在监狱外，林肯向苏珊报告了这个计划，并去贿赂了掘墓人。结果掘墓人食言了。最后，苏珊开枪打死了掘墓人以保守秘密。得知兄弟俩的计划后，索菲亚找到林肯，要求一起行动，苏克雷得知苏拉的死讯。他最终决定代替掘墓人，参与越狱计划。苏珊从林肯那里拿到了真正的鸟类手册，寄给了魏斯勒，里面有一张纸条:“你的时间不多了！”
第五集夜幕降临，索纳一片死寂。在黑暗的角落里，迈克尔正在侦察高墙内的情况:一只老鼠爬过广场，发出咔嗒咔嗒的声音。狙击手打得漂亮，只留下一具血肉模糊的尸体。迈克尔打了个寒颤:看来夜间行动的计划已经告吹了。越狱时间快截止了。林肯再次见到了迈克尔。迈克尔坦白了他白天越狱的计划，并再次询问莎拉。林肯编造了一个谎言，但是迈克尔看起来很可疑。然而，越狱在即，两人不得不把孩子的事情放在一边。林肯返回酒店，惠斯勒的女友索菲亚正忙着为迈克尔的越狱做准备。事情没有预想的那么顺利。苏克雷的掘墓人身份引起了一些神秘人的注意。在金钱的诱惑下，Sucre答应为他们把包裹送到监狱。为了赢得卢西亚诺的信任，“背包”忍受了不同寻常的侮辱和虐待。最让他痛苦的是，卢西亚诺总能随心所欲地玩弄女人，却只能理解欲望的折磨。迈克尔终于找到了守卫的弱点。他试图利用电器产生的电磁脉冲干扰警卫的电视信号，从而分散他们的注意力。当一切按迈克尔的计划进行时，意外发生了。一名警卫发现了迈克尔的狙击步枪专用望远镜。一群警卫冲进索纳监狱，询问谁在使用望远镜。迈克尔承认他在监视他们。一把枪立刻触到了迈克尔的额头。他怎么能说出观察卫兵的原因呢？突然，惠斯勒站起来大喊他在用望远镜观察候鸟，并拿出一本鸟类指南进行解释。警卫信以为真，没收了望远镜。迈克尔此刻呼出了一口大气。逃跑计划越来越难了。林肯和索菲亚发现穿过森林去索纳的路走不通，只好改变海岸线，结果发现可以走到索纳的边缘。他们不知道迈克尔的逃跑计划有被腰斩的危险。然而，马宏的意外发现重新点燃了迈克尔的希望。还有不到24小时，原定的逃亡计划就要开始了……一切都还是未知数。
第六集此时，迈克尔全神贯注。他在寻找一个合适的角度。他之所以要带着四瓶水进这间牢房，是因为这里阳光充足，环境不受干扰。如果他在龙龙混杂的广场拔出匕首，恐怕马上就有麻烦了。事实上，他打算再次向桑迪亚哥借一件类似的金属武器，但多亏了牢房里的老妇人，他省去了很多麻烦。否则桑迪亚哥和露西亚也不会答应迈克尔那么多看似不合理荒谬的要求。过了一会儿，迈克尔的匕首在半空中，停止了移动。他已经找到了角度，远处山顶的信号还在发送。迈克尔把匕首牢牢握在左手里，腾出右手，盖在匕首和太阳之间，盖，放，盖，放，不断重复。当然节奏有快有慢，短，短，长，短，长，短，短，翻译成字母就是“L…I…T…S…M…S”。林肯站在山顶上，连续两个多小时不停地发送信号。他不断调整金属片对着阳光的角度，同时用肉眼扫视监狱，看有没有反馈。尽管监狱方面没有任何回应，但林肯从未放弃。他早就做好了一整天不发回应的准备。幸运的是，监狱里终于有了一点耀眼的光芒。同样的信号重复不到第三次，林肯发现了。他立刻停下了手中的动作，仔细解读着对面的信号。对方会立刻知道山顶收到了反馈。林肯在脑海中默默记下这些字母，反复校对后，确认了信息的含义。“L，是ms”林肯现在要做的就是发第二句话。当然，意思一定要简洁，“她在哪里”这几个字母很快就要和林肯酸酸的胳膊一起发出去了。他认为他的兄弟需要一段时间才能把玛丽克鲁兹从贝里克嘴里撬出来，但是迈克尔立即做出了反应。迈克尔的回答有点长，林肯解读了很久。最后直播把所有的字母都录了下来，折了一根树枝把字母在地上划了一下，仔细看了一遍。因为很短，有些词缩写了，所以花了一些时间才看懂。
第七集，决斗只是个幌子。迈克尔虽然伤心，但他真正的目的是用决斗的噪音来掩盖他越狱的意图。三点钟，正是双方约定决斗的时刻，但此时，他们两个会偷偷溜出监狱。谁知道这一切都是弄巧成拙，虽然一个狱警终于被迷住了，但孙并没有给他们足够的时间。迈克尔和魏斯勒只能暂时回到自己的牢房，没有时间掩盖他们的逃跑。两人最终被迫决斗，正当魏斯勒准备给迈克尔致命一击时，跟随他的狱警出现了。狱警以杀死一名囚犯为例，警告勒齐，如果他不能管教别人，就找人代替他。暴怒的勒齐把迈克尔带走了，但出乎意料的是，他要求迈克尔继续他的计划，带他一起走，因为他在监狱中的统治受到了威胁。在监狱外，越狱的失败迫使林肯劫持人质，但他和苏克雷尽了最大努力去救LJ。苏珊来到监狱探望一名神秘男子，结果却是维斯勒，维斯勒为两兄弟多请了四天假，而这一切都被迈克尔看到了。
在第八集，苏珊答应再给兄弟们四天时间来策划越狱，但是组织却没有那么耐心。将军出现了，要求苏珊强行营救魏斯勒。至于两兄弟和魏斯勒的女朋友，他们都没用。在监狱内，狱警们正在用钢筋加固各处的窗户和门，而勒齐和迈克尔继续策划新的越狱计划。勒齐和迈克尔暂时结成了利益同盟，但各有各的想法，更何况是别有用心的魏斯勒。他已经知道组织会强行营救他，他只需要在5点钟出现在天台上。迈可告知林肯，他会有危险，从枪战中逃脱的林肯和苏克雷告知迈可，组织已经派杀手来杀他们。迈克尔突然意识到，这意味着该组织有其他办法营救魏斯勒。他跑到天台阻止魏斯勒逃跑，组织派出的两架直升机也只是无功而返。狱警们被这次越狱彻底激怒了。他们认为一切都源于迈克尔，并决定将他带出监狱——迈克尔的命运将再次陷入迷雾。
在第九集中，索纳监狱迎来了新的典狱长，他的高压政策迫使迈克尔说出了整件事的真相。典狱长无法相信这个离奇的故事，于是逮捕了威斯勒，并与迈克尔对质。最终，维斯勒不堪忍受惩罚，供认参与越狱。在监狱外，林肯继续在苏珊和迈克尔之间绞尽脑汁，苏珊出现了，带他去见LJ，表现出一定程度的善意。为了挣钱养活小儿子，苏克雷再次接受了去索纳监狱的送货工作。他不知道他送来的箱子里有一把手枪，监狱内外正在策划一场针对歹徒勒齐的阴谋。迈克尔设法与林肯取得了联系，这一信息帮助典狱长抓住了苏珊。苏珊、维斯勒和迈克尔三人对峙，典狱长终于相信了这个故事，并找人试图救LJ。但是事情并没有那么顺利。苏珊将他们引入了一个陷阱，杀死了狱长，并再次用LJ的生命威胁林肯。典狱长的死让维斯勒和迈克尔回到了监狱，马宏回到了从前，一切似乎又回到了起点。