我是特种兵，第二剧情。
15年后，狙击手教官先后鼓励全国少年武术冠军何、射击天赋极高的小混混王、朴实却不平凡的农村少年李参军并报名体检。何和王不期而遇是因为李发生了争执，王认出了何，前几天在海滨公园门口砸了他的摊子。他们之间的矛盾加深了。
范天雷特意把三个人都安排在铁拳团，三个人被分到同一个班班长老黑那里给这些新人上课。
蛋子让学员们清楚地明白了纪律这个词的含义，很快他们就进入了新兵训练。何和王互相竞争，但李总是在班上名列前茅。为了锻炼大家的勇气，教官冯军让大家训练坦克开过项目。他和王急忙跑去训练，但当坦克开过来时，李起身就跑。情急之下，踢了李一脚，翻上了坦克，救了一命。
炊事班的帮工王嘲笑李的胆小，抱怨每次跑步最后都会影响他的表现。李讲述了自己当兵的原因和成长经历，感动了王和何缓和关系。与此同时，李娴熟的刀工和厨艺也打动了另外两人。
新兵连队结束了，他们三个已经成了生死兄弟。李靠着每天早上的额外训练，终于赶上了王和李。他被分配到人人垂涎的四连神枪手，而何陈光因为表现异常，被分配到机械化步兵第三营第六连。布置完任务后，王一直心不在焉，一直在想考核那天的情况。他突然想起发生了什么事，冲到仓库去找出他陈光那天的射击靶纸。事实证明，他陈光并没有犯错误。十颗子弹，九个弹孔，两颗子弹打在同一个弹孔。王的强烈自尊心不允许
凭借丰富的书本经验和过硬的军事素质，何陈光坚持把一年一度的军事演习进行到底。何陈光独自穿越沼泽，破解了反狙击穿透卫星系统，却在寒冷的天气中晕倒。敌人兵营里的一名工程师很好奇，想看看发着高烧的何，但何在昏昏欲睡的病房里脱下了他的外衣靠着何。用自己的意志坚持到最后，杀死了蓝军领袖，把红军变成了胜利者。演习结束时，他陈光获得了一枚二级军功章。与此同时，被何剥去了军装，这件事也传遍了军营。
经过严格的考试和残酷的筛选，包括何、王、李、陆航团、宋凯飞、武术世家徐天龙在内的17人进入了“红细胞”队伍。经过一段非人的训练，17新秀不得不打一场红蓝对抗赛作为狙击战术课目，老厂活了下来。何和王在最后的对决中，却被误打误撞地掺了进去，最终何取得了胜利。
在长期的训练和相处中，对何产生了一种莫名的好感。一天，范天雷正带领菜鸟训练电台响起来，要求范天雷选择最好的队伍去执行一项紧急任务。菜鸟跃跃欲试。范天雷决定带他们去执行任务，同时他还带来了唐心怡作战简报，室内队长何志军介绍了动作人物章鱼和代号为黑拳的目标动作。这一次，他将利用唐心怡的美貌对章鱼进行个人调查，以得到它。他和陈光一行质疑这一操作，认为它违反了规定，但范天雷仍然孤注一掷。黑拳的操作全军覆没之后，大家才知道这又是一次考验。然而，在这次测试中和之间存在着差距。
“红细胞”团队终于形成了。黑拳行动结束后，5名成员休假一周。假期结束后，他们面临了人生中的第一次正式挑战:对抗以蝎子为首的国际杀手组织。与蝎子的第一次对抗以失败告终，因为他们爱上了蝎子的卧底阿红，但也因为这次行动，蝎子的下属王亚东投靠了警察，成为了蝎子身边的卧底。
红细胞一行作为中国军人代表，前往国际勇士学校学习C国代表之一的何哥哥查猜，两兄弟见面特别激动。蝎子被雇来猜测他的生活。勇士学校准备借此机会消灭蝎子，另一场激烈的对抗。蝎子全军覆没，独自逃走。卧底多年的警察为了救儿子王，光荣牺牲了王，但他也为自己的父亲感到骄傲。
查柴受到蝎主北极熊的威胁，在寇蝎的帮助下被拖入水中为杀死北极熊报仇。他别无选择，只能加入王亚东蝎子，成为一个海盗虎鲨集团，并劫持游轮梦之船作为人质，索要赎金。人质中还有的前妻和何的未婚妻，红细胞和海陆空特种部队展开营救工作。
最终，所有人质都被成功解救。范天雷为救前妻被一只垂死的蝎子杀死，王亚东也因过失杀人而死。海盗头目虎鲨被抓获归案。这场胜利承载了太多悲伤的红细胞，所以迎接更严峻的未来更成熟。